徐汇区疾病预防控制中心（以下简称为徐汇疾控）是实施区域政府卫生防病职能的公共卫生核心专业机构，是上海市疾病预防控制三级网络体系中的中间环节之一，集疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制、实验室检测与评价、健康教育与健康促进、技术指导与应用等7项职能，内设防疫计免科、艾性结麻科、慢病防治科、学卫眼防科、消毒除害科、环境职业卫生科、健康教育科、理化检验科、微生物检验科等15个科室，建立起上接市级专业机构、中联兄弟单位部门、下达社区的高效业务管理机制，增强社会管理功能和疾病控制综合能力。
徐汇疾控前身是徐汇区卫生防疫站。1999年11月，根据“政事分开、上下归口、精简高效”的原则，原徐汇区卫生防疫站撤销，重组为徐汇区疾病预防控制中心和
徐汇区卫生局卫生监督所两家单位。徐汇疾控主要负责疾病防控管理与服务，办公地点设在建国西路357号，建筑面积约2670m2，其中办公用房约1500 m2（含实验室），职工编制125人。2001年6月，徐汇疾控经过财产核定后独立运行。2010年10月，徐汇疾控整体搬迁到徐汇区公共卫生中心（永川路50号），建筑面积约5100 m2（其中实验室约2500 m2），使用面积约4300 m2。
2003年5月，徐汇疾控在全市区县疾控系统中率先通过
国家认可实验室评审。2011年10月，通过食品检验机构资质认定评审，2011年12月通过HIV确证实验室验收。
近年来，徐汇疾控先后获得了“上海市文明单位”、“上海市卫生系统文明单位”、“上海市平安单位”、“徐汇区先进基层党组织”等荣誉称号，中心慢病防治科被授予“徐汇区医学重点学科”，艾性结麻科被授予“徐汇区医学特色专科”。徐汇疾控正按照以人为本、促进全面发展、突出公共性和社会性的理念，规划、建立适应徐汇区经济、社会全面发展的公共卫生保障体系，建设成一个由多学科、多专业组成，起点高、布局先进、功能齐全，与区域经济和社会发展、现代疾病控制和健康促进相适应的疾病预防控制中心，在疾病预防与控制的综合实力和综合管理能力、突发公共卫生事件预警和应急处置能力、健康危险因素监测和控制能力等方面与徐汇区域功能定位相匹配。