20世纪80年代后期，Marshfield医学研究基金会(Marshfield Medical Research Foundation)的James和俄勒冈健康科学大学(Oregon Health Sciences University )的Wis等人分离出来一种比小卫星DNA具有更短重复单元的卫星DNA，被称为微卫星DNA，又被称作短串连重复(Short Tandem Repeats, STRs)或简单重复序列(Simple Sequence Repeat, SSRs), 每单元长度在1～6bp之间根据重复单元的构成与分布，微卫星DNA序列被分为3种类型：单一型(pure),复合型(compound)和间断型(interrupted)

Microsatellite

基因组中一段简单重复序列, 例如:

单一型:ATATATATATATATATATATATAT

复合型: ATATATCACACACACACACAC

间断型: ATATATCA ATATATCA ATATATA

微卫星DNA符合孟德尔遗传模式，共显性表达，广泛分布于真核生物的基因组中，包括编码区和非编码区.研究表明，可能是DNA复制过程中的“链滑”(strand slippage)现象造成微卫星DNA多态性信息容量(polymorphic information content, PIC)较高.由于微卫星具有数量多、在基因组内分布均匀、多态性信息丰富、易于检测等优点被作为优良的遗传标记(genetic marker)而得到广泛应用。

Motif

微卫星中重复单元（Motif）。例如ATATATATATATATATATATATAT序列中，AT就是该序列的重复单元，在重复单元的划分上，一般认为：

CA = AC = GT = TG

AGC = GCA = CAG = GCT = CTG = TGC