微山县气象局始建于1957年，后因周围环境影响，1981年和1998年先后两次进行迁站。现址位于商业街19号，占地11.5亩；现有办公用房450平方米，职工宿舍1200平方米，局内设办公室、业务科、服务科和微山县防雷办公室；在职职工10人，退休职工1人，其中工程师4人，助理工程师5人；建立党支部1个，现有党员9名。

办公室

负责局机关办公事务、计划财务、文秘宣传、后勤服务，完成局领导交办的其他工作。

行政执法办公室

负责行政执法、施放气球及安全、气象信息直通及显示屏服务与维护，完成局领导交办的其他工作。

负责防雷减灾管理与安全，防雷检测及防雷工程验收、防雷工程管理，负责雷电灾害调查，完成局领导交办的其他工作。

防雷图纸审查中心

负责防雷建设工程的图纸审核及审批，负责雷击风险评估工作，完成局领导交办的其他工作。

气象台（人工影响天气办公室）

负责测报、预报、农气、GPS/MET、兴农网、气象影视制作、档案管理、人工影响天气，抓好气象业务与现代化建设，搞好气象服务工作，完成局领导交办的其他工作。