《微生物与感染》为中华人民共和国教育部主管、复旦大学主办的学术类期刊，于2006年创刊。

2006年，《微生物与感染》创刊，为季刊。

2012年，《微生物与感染》编辑部迁至上海市东安路131号4号楼213、215室；同年起，该刊加入中国知网学术期刊优先数字出版系统。

2014年12月，正式成为原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

2015年，改为双月刊。

2018年第1期起，开通HTML格式全文阅读模式。

《微生物与感染》内容涉及与人类、动物和植物感染相关的微生物，如病毒、细菌、真菌、立克次体、螺旋体、支原体等的生物学及分子生物学特性，抗感染免疫，实验室诊断技术，临床感染及流行病学与防疫等方面的研究；设有综述、编译、文摘、国际学术交流、临床微生物学、动态、网上快讯等栏目。

截至2018年3月，《微生物与感染》拥有国际编委5人、常务编委32人、编委60人。

2012年，《微生物与感染》发表主编寄语1篇、特约专稿8篇、论著15篇、综述18篇、讲座l篇、读者·作者·编者2篇，共45篇文章，约50万字。其中各类基金资助课题文章35篇（77．78%），分别为国家自然科学基金的文章16箱，“十一五”或“十二五”国家科技重大专项的文章11篇、国家“863”项目的文章1篇，国外基金项目的文章l篇，省市级基金项目的文章16篇，其他项目资助的文章8篇。

截至2018年1月，《微生物与感染》与新加坡World Scientific Publishing Company （世界科技出版公司）合作的英文书《Recent Works on Microbes and Infections in China--Selected from the Journal of Microbes and Infections》已出版。

据2018年10月28日中国知网显示，《微生物与感染》共出版文献1001篇。

据2018年10月28日万方数据知识服务平台显示，《微生物与感染》共载文1579篇。

《微生物与感染》被中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）、中国期刊全文数据库、中文科技期刊数据库、中国知网、万方数据库收录。

在中国学术期刊影响因子年报（自然科技与工程技术2012年版）中，《微生物与感染》2011年的影响因子为0.525，总被引频次为280，略同于2010年的该两项指数。

据2018年10月28日中国知网显示，《微生物与感染》总被下载118306次、总被引2799次、（2018版）复合影响因子为0.583、（2018版）综合影响因子为0.457。

据2018年10月28日万方数据知识服务平台显示，《微生物与感染》被引量为2734、下载量为51929；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）来源数据显示，期刊影响因子为0.594，在全部统计源期刊（6735种）中排第2374名、在基础医学（77种）中排第42名。

《微生物与感染》曾获获卫生部《国外医学》系列评比三等奖。

2012年1月，《微生物与感染》在“2011年上海市期刊编校质量检查”中获“优秀”称号。

2016年6月，《微生物与感染》获“第二届上海市高校优秀科技期刊奖”。

《微生物与感染》旨在建立一个学科间交叉﹑基础联系临床和公共卫生预防的平台，以利于传播科研成果，培养学科人才和促进国内外学术交流。

《微生物与感染》以服务读者和作者为己任，以学术质量第一为原则，注重学术道德，弘扬创新精神，维护学术诚信，抵制学术不端，恪守出版职业道德。