微生物生态学（Microbial Ecology）是生态学的二级学科。 2018年6月5日，国务院学位委员会生态学科评议组发布了生态学二级学科方向，包括动物生态学、植物生态学、微生物生态学、生态系统生态学、景观生态学、修复生态学和可持续生态学七个二级学科方向。

研究微生物与其他生物和环境之间相互关系及其生态功能的学科。

1.微生物种群与多样性

2.微生物群落构建与演替

3.微生物生态功能

4.微生物对全球变化的响应与调控机制

微生物生态研究方法可分为三大类：①传统的研究方法，包括分离培养法和野外真菌子实体调查方法。②生理生化方法，常用的主要有磷脂脂肪酸法、微孔板法、麦角甾醇法等。③分子生物学方法，主要包括实时荧光定量聚合酶链式反应技术、稳定性同位素示踪技术、扩增子高通量测序技术、宏基因组高通量测技术、宏转录组高通量测序技术、宏蛋白组分析技术、宏代谢组分析技术等。

1.陈声明, 吴甘霖. 微生物生态学导论 : Introduction to microbial ecology. 高等教育出版社, 2015.

2.池振明. 现代微生物生态学.第2版. 科学出版社, 2010.

3.宋福强. 微生物生态学[M]. 化学工业出版社, 2008.