微生物群（microbiota）是特定时间特定生境所有微生物有机体的总称，其组成包括非细胞结构的病毒（包括噬菌体）、原核生物中的真细菌和古细菌，以及真核细胞微生物。

与之对应，微生物群可以划分为病毒群、细菌群、古细菌群和真核细胞型微生物群。而微生物组（microbiome）是特定时间特定生境中微生物群所包含的基因序列（含同源序列）的总和。两者不完全对应，微生物组的范围更广，特别是动物和植物微生物组。微生物组与其宿主基因组有重叠部分——主要是宿主基因组包含的与微生物同源的基因序列，特别是与病毒基因序列的同源部分。相应地，微生物组也可以分为病毒组、细菌组、古细菌组、真核细胞型微生物组。