心土层指表土层和底土层之间的土层。旱作土的心土层一般保持开垦种植前自然土壤淀积层的形态和性状，耕种引起的变化小。水稻土的心土层，在正常情况下，发育为斑纹层多棱块或棱柱状结构，垂直节理（裂缝），透水性良好，养分供应及时，但当铁质强烈淋失时就形成灰白色的白土层（这种水稻土叫白土、白散泥等）。低湿粘重的水稻土（叫青泥土）的心土层，与上层分界不明显，无结构，似粘糕状，滞水，土性冷凉，苗期养分不足，发棵迟。应开沟排水。

心土层 又称“生土层”。是土壤剖面的中层。位于表土层与底土层之间。由承受表土淋溶下来的物质形成的。通常是指表土层以下至50厘米深度的土层。由于有物质的移动和淀积，所以表土层和心土层最能反映出土壤形成过程的特点。在耕作土壤中，心土层的结构一般较差，养分含量较低，植物根系少。旱作土壤的心土层，一般保持着开垦种植前自然土壤淀积层的形态和性状，耕种引起的变化小；水稻土的心土层，在正常情况下多发育为具有棱块或棱柱状结构的斑纹层。B层是淀积层。C层是风化层。R层是岩石层。以上三层为心土层。

含有机质少，结构性差，受耕作措施影响小，根系分布极少，大多保留着自然土壤淀积层的形态和性状。水稻土的心土层，包括渗育层和潴育层。渗育层也叫初期潴育层，具有块状结构，有托水托肥作用。潴育层又叫斑纹层或淀积层。一般是指犁底层以下，地下水位以上的土层，这层土壤有较多的锈纹和锈斑。在排水良好的水稻土中，由于不断渗漏，时湿时干，这层常出现锈纹、锈斑和铁结核等新生体。潴育层厚是肥沃水稻土的特点。