忍者这个称谓是在日本江户时代开始有的，不过忍者的历史从更为久远的时候便开始了。据说在日本首次派遣“忍者”完成任务的，是圣德太子。在当时，忍者被人们称为“志能便”。

根据时代和地点的不同，有各种各样的称谓以下是各个时期忍者的当时的称谓：飞鸟时代：“志能便”；奈良时代：“斥候”；战国时代：叫法甚多，流传最广的叫法是“乱波”，这是武田信玄给起的名字；江户时代：“忍者”。

虽然是在江户时代正式确立了名字，但是正是从这一时代开始日本进入了较长时间的德川家族统治的和平时期，在历史的舞台上的活动变得越来越少。由于失去了活动的舞台，使得忍者在历史的舞台上渐渐地消失。以至于许多的忍术失传。关于忍者活动的最后记载是在1637年“岛原之乱”中，忍者曾作为幕府的部署作战。

忍者的工作，主要是为主君进行秘策、破坏、暗杀、收集敌方前线情报、搅乱敌方后援基地……等种种谍报活动。由于生前必须隐姓埋名，过着终生见不得天日的生活；更不能留下只言片语，以免日后东窗事发，因此，日本忍者的起源，到底该回溯到哪个时代？没人敢断言。不过，忍术秘本中，留有圣德太子（五世纪末至六世纪初）身边有位名叫「大伴细人」的忍者的记载。

日本各地虽有无以数记的忍术流派，但是，追根究底，毕竟还是会回到伊贺（三重县西北部）、甲贺（滋贺县南部）两地。两者祖先是同一家人，双方之间大部份也都有亲戚关系。只是，彼此的雇主（主君）若是敌对关系的话，他们便不得不同室操戈，甚或演变成兄弟阋墙的结果。

而另一方，为了便于忍术能世代传授下去，他们之间也不得不频繁通婚，可以说是唇亡齿寒的关系。稍微细想一下，便可知道，一旦生长在该地，无论男女，为了家族秘密，还能跟他乡人结婚生子吗？况且，男忍者背后，通常有女忍者在撑持。这种工作，除非自小耳濡目染，视为当然，否则，丈夫于某天突然不告而别，普通女人谁能忍受，不气得七孔生烟？

忍者世界中，有四项基本戒律：不准滥用忍术（只能用在公事上）、舍弃一切自尊（逃命要紧）、必须守口如瓶（即便为此失去性命）、绝对不能泄露身份（这是最基本忍术）。忍者活跃的时代，大致有三：十一世纪末至十二世纪末的源平时代、十三世纪的南北朝时代、十四世纪中旬至十五世纪末的战国时代。而战国时代也可以说是忍者“百花齐放，百家争鸣”的时代。

15世纪到16世纪末的战国时代，而战国时代也可以说是忍者“百花齐放，百家争鸣”的时代。忍者又分为上忍、中忍、下忍。『上忍』，又称『智囊忍』，专门策划整体的作战步骤。『中忍』，是实际作战的指挥头子，当然，忍术也得超然出众才行。『下忍』，又称『体忍』，相当于现在的特战部队，是在最前线作战的实际忍者。三者之间有等级关系的泾渭分明，“下忍”对『中忍』唯命是从，『中忍』对『上忍』俯首帖耳。