恩阳河，古名清化水，长江支流渠江支流巴河的支流。发源于旺苍县水磨乡九指山西北，经旺苍县、南江县、恩阳区、巴州区，在三江口注入巴河。主河全长139.4公里，流域面积2920平方公里。主要支流有鳌溪河。汇入巴河处的多年平均流量为39.52立方米／秒，多年平均径流总量约12.46亿立方米；县境落差29.5米，水力资源理论蕴藏量2.45万千瓦。

后坝河又名北水河、木门河。源于水磨九指山麓芦坝河，由东向西，流经大两、竟成、农建、木门，与清江汇流，至青江渡入南江恩阳河。县境内流长50公里，流域面积413平方公里，年平均流量9.0立方米／秒。后坝至木门，可通航2—3吨级木船，下行可通恩阳、平昌。

正直河(木门河)。位于县境西部，从东凡入县境，经和平、九顶、正直、凤仪流入巴中三汇(三江口)。县内流域面积416.8平方公里，境内河道长38.3公里。多年年平均径流量7.2亿立方米。天然落差47.60米。河道比降1.2‰。

恩阳河，古名清化水，系巴河一级支流，渠江二级支流。主河发源于旺苍县水磨乡九指山西北，经旺苍县东凡、南江县和平、正直、凤仪等乡，在县北福星乡李家坝入县境。至麻石垭乡毛水口，有毛石小河自西北汇入；至恩阳镇起凤桥，有之字河自西汇入。蜿蜒向东南，至麻石垭乡石龙咀，有古溪桥河(原名鹿溪)自北汇入。绕石城、光辉2乡至三江乡境，与西南来的鳌溪河汇合后，在三江口注入巴河。主河及支流组成扇状水系，遍布县境西部和西南部。主河全长139.4公里，流域面积2920平方公里。在县境内长43.3公里，直线河长20.4公里，比降为0.69‰，流域面积1183.5平方公里，河网密度每平方公里0.18公里。沿河两岸分布有李家坝、元坝子、赵家坝、小观坝、青州坝等冲积小平坝。主河及支流流域(不含鳌溪河)经平梁、雪山、渔溪、恩阳、曾口5区，11乡。汇入巴河处的多年平均流量为39.52立方米／秒，多年平均径流总量约12.46亿立方米；县境落差29.5米，水力资源理论蕴藏量2.45万千瓦。

鳌溪河，古名深渡河，系巴河二级支流。发源于阆中县望垭乡，从西部尹家乡入县境，经花丛、磨子、柳林、万安、天官、同乐、三星、三江等乡，距三江口约1公里处汇入恩阳河。全长72.8公里，县境内长67.5公里，直线河长36.5公里，流域面积646.75平方公里。入县境后，在尹家乡境有三溪沟、新民河两条小溪自西北汇入；至天官乡境，有自西南来的茶坝河及自南来的黄柏溪(又名三叉河)汇入；至三星乡境，有自南来的苟家河汇入。水系呈树枝状，比降为6.6‰，河网密度每平方公里0.20公里，河道弯曲系数1.85%；注入恩阳河处，多年平均流量为8.2立方米／秒，多年平均径流量为2.59亿立方米；县境落差70.4米，水力资源理论蕴藏量为0.46万千瓦。