惠州市卫生局是根据《中共惠州市委、惠州市人民政府关于印发〈惠州市人民政府机构改革方案〉的通知》（惠市委发〔2009〕25号）而设立的，为市人民政府工作部门。
职责调整
（一）取消的职责
1、取消食品卫生许可职责。
2、取消已由市人民政府公布取消的行政审批事项。
（二）划出的职责
1、将农村合作医疗管理职责划给市人力资源和社会保障局。
2、将餐饮业、食堂等消费环节食品安全监管的职责划给市食品药品监督管理局。
3、将拟订卫生和医疗机构的医疗服务、技术、医疗质量等有关标准与规范的事务性工作，以及卫生行业科技成果鉴定工作逐步交给事业单位或社会组织。
4、将卫生系统内教育培训的具体组织实施工作以及行政审批受理、技术评估、电子政务、政务公开、档案管理的事务性工作逐步交给事业单位或社会组织。
5、将卫生行业业务咨询、行业调研和统计分析、决策论证、资产项目评估等技术服务工作逐步交给事业单位或社会组织。
（三）划入的职责
将市食品药品监督管理局食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故、统一发布重大食品安全信息的职责划入市卫生局。
（四）加强的职责
加强食品安全综合监督。加强对医疗服务、公立医疗机构的监督管理。
主要职责
（一）贯彻执行国家和省、市有关卫生工作的方针政策和法律法规，拟订卫生、食品安全以及促进中医药事业发展的规划和政策。
（二）承担食品安全综合协调的职责，组织查处食品安全重大事故，统一发布重大食品安全信息。
（三）拟订区域卫生规划并组织实施，指导各县（区）合理配置卫生资源。
（四）拟订农村卫生、社区卫生、妇幼保健、健康教育工作规划、规范和措施。
（五）拟订妇幼卫生（含母婴保健）工作规划、规范和措施，贯彻执行母婴保健专项技术准入制度，综合管理提高出生人口素质工作。
（六）负责疾病预防控制工作，协调有关部门对重大疾病实施防控与干预，发布法定报告传染病疫情信息。
（七）拟订全市医疗卫生机构设置规划并组织实施，负责医疗机构医疗服务的行业准入管理，组织制定医疗卫生职业道德规范，建立医疗机构医疗服务评价和监督体系，协同管理卫生医疗服务价格和规范服务行为。
（八）组织实施重点医药卫生科研攻关项目，组织实施基层卫生人才学历教育，组织推广医学科研成果的普及应用，组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作。
（九）依法监督管理全市采供血及临床用血质量，组织协调全市无偿献血工作。
（十）指导卫生人才队伍建设工作，组织实施国家和省人事、卫生部门制定的卫生专业技术人员资格标准，组织实施卫生机构编制标准。
（十一）指导、监督和规范卫生行政执法工作，按照职责分工负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理，负责公共场所和饮用水的卫生安全监督管理，负责传染病防治监督。
（十二）拟订突发公共事件卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；组织协调与指导各县（区）突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援；发布突发公共卫生事件处置信息。
（十三）贯彻中西医并重方针，推进中医药的继承与创新，推动中医药现代化建设。
（十四）组织指导卫生方面的对外交流与合作及卫生援外有关工作。
（十五）指导全市爱国卫生工作。
（十六）协助市委保健部门做好干部保健工作。
（十七）承办市人民政府和省卫生厅交办的其他事项。
内设机构
根据上述职责，市卫生局设9个内设机构：
（一）办公室。
协助局领导组织综合性政策调研，拟订全市卫生工作计划；负责文电、会务、机要、档案、资产管理、后勤等机关日常工作；承担信息、新闻宣传、安全、保密、信访、政务公开、医疗卫生方面的对外交流与合作工作。
（二）人事科（与直属机关党委办公室合署办公）。
拟订卫生人才发展规划；组织实施国家和省人事、卫生部门制定的各类卫生专业技术人员资格标准；负责本局和指导直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资和档案管理，以及卫生系统知识分子管理工作；负责本局机关及指导直属单位的党务、纪检监察、精神文明建设、工青妇群团和计划生育、离退休人员服务工作。
（三）规划财务科。
拟订全市卫生事业中长期发展规划，统筹规划与协调卫生资源配置，管理大型医用装备的配置；监管卫生事业经费、直属单位基本建设项目和国有资产；协同管理卫生医疗服务价格和规范服务行为；指导基层卫生机构的建设；负责本局和指导直属单位财务、内部审计工作；指导实施药品和医疗器械采购相关规范；指导卫生信息化和负责卫生统计管理工作。
（四）政策法规与公共卫生监督科。
承担有关规范性文件的合法性审核工作；承担有关行政复议和行政应诉工作；指导卫生系统法制宣传教育；指导卫生系统落实执法责任制。指导、监督和规范卫生行政执法工作；按照职责分工，承担职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理工作；承担公共场所、饮用水等的卫生监督管理；承担传染病防治监督工作；督办重大医疗卫生违法案件。
（五）食品安全综合协调科。
承担食品安全综合协调工作；组织查处食品安全重大事故；组织开展食品安全监测和预警工作；承担重大食品安全信息发布工作。
（六）疾病预防控制科（突发公共卫生事件应急处理办公室）。
拟订重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施；完善疾病防控体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；承担法定报告传染病疫情信息管理工作；承担市人民政府防治艾滋病工作委员会的日常工作。
拟订突发公共卫生、恐怖事件，核辐射事故的医疗卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施，并组织实施；负责组建全市监测和预警系统，组建卫生应急队伍，统一指挥和组织协调有关突发公共卫生事件应急处理工作；组织预案培训和演练；培训公共卫生和医疗救助专业人员，指导各县（区）实施突发公共卫生事件预案，开展突发事件的预防救治工作。
（七）基层卫生与妇幼保健科。
承担综合管理农村卫生、社区卫生和妇幼卫生工作，拟订有关政策、规划、规范、标准并组织实施；监督指导农村卫生、社区卫生、妇幼保健政策的落实；指导城市社区卫生服务体系建设、农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作；组织实施母婴保健专项技术的准入监管，牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作，监督医疗保健机构的计划生育技术服务质量。
（八）医政科。
组织实施医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规范、标准；组织实施医疗机构医疗服务行业的准入管理；组织实施执业医师的准入管理及护士注册工作；建立并组织实施医疗机构医疗服务评价和监督体系的有关工作；指导实施医务人员执业标准和服务规范；指导医院药事、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；负责医疗纠纷、医疗事故处理；承担推进公立医院管理体制改革工作；协助做好干部保健工作。
拟订卫生科技发展规划；组织实施基层卫生人才学历教育；组织实施医学科研攻关项目；指导医疗卫生方面的技术推广和科学普及工作；组织指导医学重点专科、特色专科建设；承担医疗卫生实验室生物安全的监督管理；组织指导卫生专业技术岗位培训工作；组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作；指导医学院临床教学基地建设。
（九）中医科。
拟订中医药防治重大疾病规划；组织实施中医医疗、预防、保健、康复、护理及临床用药等的管理规范和技术标准；组织实施中医医疗、保健等人员的执业资格标准、服务规范；监督管理各类中医、中西医结合及民族医医疗机构，指导其他医疗机构的中医业务；组织中医药科研课题的协作及攻关，负责中医药继续教育工作。