惠州起义，又称“庚子惠州之役”。1900年，当义和团在北方蓬勃发展，唐才常在华中策划起义之时，孙中山决意加紧在广东起义。他派郑士良前往惠州，联络会党以谋发动，并派史坚如至广州策动相应。孙自己亲往香港，准备潜入内地。但由于港英当局阻止，无法登岸，便改在船上开会，决定以广东省新安县的绿林和嘉应州三合会为主力，在惠州三洲田山寨起义。让郑士良负责指挥，孙中山自己到台湾设法接济。

1900年，中国北方爆发义和团运动，政局混乱，正处于一个“可生可死、可剥可复、可奴可主、可瘠可肥”的时刻。孙中山“乘时而起”，派杨衢云、郑士良到香港、惠州等地准备起义。这时，英国为了阻止义和团运动向南方发展，怂恿两广总督李鸿章在华南“独立”，并拉拢孙中山与李鸿章合作。1900年5月、6月间，李鸿章的幕僚刘学询转告孙中山，说李鸿章有意在两广独立，请孙中山速来广东协同进行。孙中山颇不信李鸿章能有此魄力，但愿意一试。他在继续加紧策划武装起义的同时，亲赴香港，派出代表与刘学询谈判。后来，李鸿章看到慈禧太后的统治没有垮台，决意北上，孙中山的一丝幻想也随之烟消云散，便决定重新全力准备武装起义。

惠州起义一共耗资十万元，在香港与孙先生初次见面的李纪堂，捐了两万元，还有一个日本人捐了五千元，其余都是孙中山和孙眉筹措的。

作为正军的广州方面，虽然运动军队及绿林的工作颇见成效，但军械却迟迟难以运到，只好放弃举事，择期再动了；惠州方面却因风闻清军有围攻企图，不待正式命令下达，就于10月6日发动了起义。这次起义因此而常被称为“惠州起义”，三洲田是义军的集结地。

三洲田是惠州府属下归善（即惠阳）县的一个村庄，位于大鹏湾北五英里，距香港新界东部边界不到十英里，便于得到孙中山来自海上或香港的增援。郑士良是归善当地的客家人，且有很深的三合会背景，招募的义军多为惠州的客家人和三合会员。义军从三洲田出发，向西不到七十英里即可抵达最终的攻击目标广州。

郑士良在三洲田集中了大约六百人，并通过一个广州军官购买了一些三百支来复枪，每支枪三十发子弹。夏末，他们已经控制了所有山口，突击队也准备就绪，只等孙中山一声令下了。

但是，孙中山的筹措饷械活动极为不易，万事未备前，不敢贸然下达起义命令。军粮日渐匮乏，郑士良只好暂时将部队分散，仅留下八十人守大寨。

但是，革命党人在惠州地区的活动引起了当局的注意，甚至有谣传说，有一支“数万人”的队伍，运入不少武器，在三洲田地区掘壕据守。

考虑到这支队伍已经占据险要，且有当地农民的同情，代理两广总督德寿反对大张旗鼓地围剿，主张步步为营地徐徐推进，对义军形成包围后再一举歼灭。

水师提督何长清率几千士兵从虎门出发，进驻已闻名遐迩的深圳，位于三洲田西南二十英里处，与新界隔河相望，既能迅速向义军发动攻击，又能守卫边界，防止义军在边界制造事端，使对岸的英军卷入进来。在西北面，一支陆军部队占据了归善和东莞之间的交界处，另一支部队则从潮州调到义军防区以东的海丰一带。坐镇惠州指挥的陆路提督邓万林，派兵在镇隆和淡水封锁了义军向东北方向的退路，同时，巡逻船受命在靠近骚乱地区的海面上警戒。

发现了清军的步步进逼，郑士良急电正在台湾的孙中山，要求赶紧把军火运来。因孙中山在台湾的各项准备还未就绪，于是电令郑士良先将起义队伍分散，避免同清军接触。而郑士良却认为，只要能把军火运抵广东沿岸，郑士良便可将义军引向成功。

孙、郑还在电报往返时，水师提督何长清的先头部队约二百人占领了距三洲田不足八英里的沙湾集镇，派出的轻骑侦察兵甚至到了义军营地附近。郑士良的副将黄福不知道孙中山有让部队先行分散的命令，眼见敌人逼近，决定先下手为强，率领八十人的队伍对沙湾发动了攻击。

惠州起义就此爆发。义军虽然人数不多，却攻势如虹，把清军打得落花流水，毙敌四十，俘敌三十，缴获了他们的枪支和几箱子弹，还将俘虏们的辫子统统剪掉了。

战斗已经打响，孙中山立即批准了起义计划并加紧筹措军火。此前不久，为支持菲律宾解放运动，孙中山曾为菲律宾独立军代买过一船军火，后事未成，军火也没用上。惠州起义爆发，孙中山就征得菲律宾独立军同意，先借这批军火应急。

没想到的是，派去提取军火的人在仓库里只看到一堆毫无用处的废铁。原来，日本军火代理商中村弥六，鲸吞了独立军购买军火的专款，用废铁冒充了军火。

但义军的进展却意外地顺利，10月6日占领沙湾后，得到了从邻近城镇来的士兵补充，然后挥师北上，向离惠州城不到十五英里的镇隆推进。尽管许多战士仅仅装备了梭镖，但义军还是击溃了一支清军并占领了该城，缴枪七百条，算是一次重大胜利了。

义军在博罗和惠州城的支持者也投入了战斗，从甘蔗地里向南援的清军发动攻击，并围困了这两个城镇。如惠州城陷落，那通向广州的门户就打开了。因此清军倾全力防守惠州和博罗。

武器弹药不足的义军并未恋战，而是按照孙中山的新命令，放弃了向西进攻广州的计划，调头向东北二百五十英里外的厦门前进。

孙中山的这一新命令，也和解决义军的补给有关。厦门与台湾隔海相望，从那里更易得到来自台湾的支援。

迟迟得不到海上补给的义军，一路上秋毫无犯，只满足于得到刚好够用的粮食，以及尽可能多的武器。因此，人民到处都对他们表示友好，还有几千农民加入了队伍。

义军一路连败清军，在从永湖向白芒花开进时，他们只有一千支枪，却打败了五六千人的清军部队，俘敌数百人，缴获了五六百支枪及大批弹药，并占领了白芒花。归善的农民热烈响应，义军很快人数过万，沿着东江的支流西江流域向东推进。

义军高擎的旗帜上写着斗大的“郑”字和“孙”字，还有“保洋灭满”的口号，这与义和团“扶清灭洋”的宗旨完全不同，因此起义并没有引起外国人的恐慌。孙中山还特意派人给郑士良带去了一面革命旗帜――陆皓东烈士设计的青天白日旗，使这面旗帜第一次在中国大地上高高飘扬。

在青天白日旗的引领下，义军向福建边缘艰苦跋涉，在崩岗墟击溃了七千人的清军，但由于缺乏子弹，无法全歼敌人。粤东山脉人烟稀少，穿越不易，清军却可以逸待劳地阻击他们。

10月20日，义军抵达归善东面的三多祝，离遥远的厦门尚有一百五十多英里，但他们再也走不动了。长途行军还要战斗，几乎耗尽了他们的弹药还有粮食，这时的队伍已有两万之众，却没有什么补充给养的机会。

孙中山在台湾几乎想尽了一切办法，但各种筹措粮饷和军火的方案总是功亏一篑。弹尽粮绝的义军遭到了越来越多清军的攻击，已获战场专断授权的郑士良，下令部队解散。

在广州的史坚如不知道惠州起义已经失败，还在想办法配合义军的行动。他和哥哥变卖了他们继承的约三千元财产，购买了几百磅德国甘油炸药。这些炸药都是邓荫南和其他几位同志从澳门或香港走私来的。史坚如挖了条地道，将炸药埋到了总督府地底下。

10月28日清晨，一声巨响从总督府传来，墙倒屋塌，六个人被炸死了，但总督德寿却幸免于难，只是被从床上震翻在地。史坚如不幸被捕。清吏软硬兼施，想让出身仕宦之家的史坚如供出同党。他们对史坚如严刑拷打，施以烙刑，甚至拔去了他的手指甲和脚趾甲，但他毫不动摇，拒绝在四十名嫌疑人中指认同谋者。11月9日，史坚如被砍头了，牺牲时年仅二十一岁。

1900年，孙中山领导的“三洲田庚子起义”在惠阳三洲田（今深圳沙头角三洲田村）发起。虽然起义最终因筹款受挫、粮饷枪械未达，在取得几次战役胜利后不得不“解散队伍”，但该次起义打响了20世纪中国革命的第一枪。孙中山在回忆该段历史时感慨，正是三洲田起义，国人才开始渐渐了解革命、同情革命，“知国人之迷梦已有渐醒之兆”。

惠州起义是辛亥革命的前奏，其势头猛、影响大，提振了孙中山和其他革命者的信心，为最终推翻清朝、光复惠州作出了卓越的贡献，为武昌起义的成功奠定了基础。此外，起义队伍那种不屈不挠、顽强拼搏、无私无畏的革命精神激励着惠州一代又一代人。