慈云禅寺，原名慈云庵，始建于明万历四十三年（公元1615年）。清顺治十五年（1656），清世祖福临召当时的武康名僧玉琳进京，对之“慰劳优渥”，送居万善殿，不时前往“临访道要”，“恨相见之晚，特赐号大觉禅师。”后又晋封“大觉普济能仁国师”﹐名闻一时。
康熙十四年（1675）﹐已近垂暮之年的
玉琳国师只身云游﹐挂单于淮安府（今淮阴）慈云寺﹐八月十日说偈跌坐而逝﹐为佛法作了最后一次布施﹐以自己的肉身来兴隆此一方道场。玉琳国师的肉身尚存﹐文革中被好心人掩埋﹐一时没下落﹐现正在寻找﹐相信会有重现的一天。他是历史上作为国师身份的僧人。雍正十三年（1735）﹐清世宗以清江浦慈云庵为大觉圆寂之所﹐诏拨淮关银照大丛林式兴建﹐置香火地﹐命内务大臣﹑淮关监督年希尧督建此寺﹐钦赐《慈云禅寺》匾额﹐改庵为寺﹐至乾隆四年（1739）大功告成。