慈灯寺为清雍正帝五年（1727年）由小召喇嘛呈请朝廷修建，1732年朝廷命名为慈灯寺。此塔建于清雍正帝五年（1727年），落成于雍正帝十年，光绪十二年（1886年），阳察尔济格根三世死后，寺中没有了活佛，喇嘛都回到小召。后寺宇败落，仅存五塔。1962年起，设兼职保护员。1977年进行修葺，成立了呼和浩特市文物管理所，开始建立资料档案。1982年成立五塔文物保管所，树立了保护标志。

重建

内蒙古自治区呼和浩特市慈灯寺遗址复原工程竣工，这座消失了近半个世纪的清代名寺重现在世人面前。此次慈灯寺复原工程是依据历史文献、历史照片、相关研究资料并结合遗址考古发掘成果进行复原设计的。复原工程项目包括围墙复原、二进院大殿和三进院大殿复原、6个东西配殿复原以及古井厅复原等，工程于2006年3月动工。 位于呼和浩特市区的慈灯寺，俗称五塔寺，为藏传佛教寺庙，建于1727年，1732年清廷赐名“慈灯寺”。1886年之后慈灯寺逐渐荒芜，到20世纪60年代末，佛殿完全无存，只剩下殿后的“金刚座舍利宝塔”。此宝塔现为全国重点文物保护单位。