扁鹊学派是战国、秦汉时期在社会上影响最大、享誉最高的学派；战国、秦汉时期，存在着不同的医学学派，并且各派之间进行了学术争鸣；
扁鹊学派有本学派的医经和经方，今传之《难经》、《中藏经》，不是发挥《黄帝内经》之作，而是扁鹊学派的著作；汉代的著名医家仓公、华陀，都是扁鹊学派的学者；两汉、六朝时期，还有其他一些著名医家，其中有些人也很有可能属于扁鹊学派；
在中医史上，扁鹊学派和黄帝学派的地位和影响，经历了“戏剧性”的盛衰剧变，战国秦汉时期，扁鹊学派占压倒性优势；魏晋南北朝时期，扁鹊学派和黄帝学派旗鼓相当；隋唐之后，扁鹊学派的地位和影响一落千丈，黄帝学派逐渐“一统医坛”。