扬州检验检疫局是国家质检总局设在扬州，主管出入境商品检验、卫生检疫、动植物检疫、鉴定、认证和监督管理的行政执法分支机构。

扬州检验检疫局内设12个职能部门，1个办事处，2个事业单位，共有干部职工98人，中高级职称各类专业技术人员占70%以上，大专以上学历达到90%。

下属江苏检验检疫局轻工产品与儿童用品检测中心（扬州进出口玩具检验所）是国内首家成立的从事玩具和儿童用品检验检测的权威性机构，江苏检验检疫光电产品检测中心是国家质检总局批准在建的国家级重点实验室。

扬州检验检疫局先后获得了国家人事部和国家质检总局“全国质量监督检验检疫工作先进集体”， 江苏省文明单位、文明单位标兵和文明行业，连续多次被评为江苏检验检疫系统文明单位，江苏检验检疫系统文明单位标兵，扬州市文明单位、扬州市招商引资优质服务单位；拥有三级“文明号”荣誉称号：国家级青年文明号1个，省级青年文明号2个和市青年文明号1个。

2017年11月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第五届全国文明单位”荣誉称号。