抗原性转变(antigenic shift)是病毒的一种突然的激烈的不连续的抗原性改变，结果产生与原来毒株完全不相同的亚型。其毒力可明显增强，如流感病毒的抗原性转变可导致流行性感冒的世界性大流行。

流感病毒易于发生抗原性变异、温度敏感性变异等。抗原性变异是流感病毒变异的主要形式，病毒表面抗原HA和NA是其主要的变异成分。按照变异幅度的不同，流感病毒的抗原性变异包括抗原性转变和抗原性漂移两种形式。

抗原性转变(antigenic shift)变异幅度大，属于质变，即病毒株表面抗原结构一种或两种发生变异，与前次流行株抗原相异，形成新亚型(如H1N1一H2N2、H2N2一H3N2)，由于人群缺少对变异病毒株的免疫力，从而引起流感大流行。如果两种不同病毒同时感染同一细胞，则可发生基因重组形成新亚型。

抗原性转变属于质变，是指在自然流行条件下，甲型流感病毒表面的一种或两种抗原结构发生大幅度的变异，或者由于两种或两种以上甲型流感病毒感染同一细胞时发生基因重组而形成，并出现与前次流行株的抗原结构不同的新亚型(如H1N1转变为H2N2等)。由于人群缺少对变异病毒株的免疫力，因此这些新亚型容易在人际引起大流行。因核酸序列较大程度的改变，从而导致编码蛋白的抗原性变化，是蛋白抗原性转变的常见方式，而对于流感病毒，其核酸是分节段的，这种生物学特点也决定着流感病毒独特、多变的命运。当两种不同亚型的病毒感染了同一宿主，在病毒装配过程中，就有可能通过基因重组的方式，将原本来源于不同病毒的核酸片段包装于同一个病毒中，导致新亚型出现，而后者也已成为流感病毒抗原性转变的主要方式。

2009年所流行的流感经CDC鉴定，即为发生基因重排的新型甲型H1N1流感病毒所致，它含有人、禽、猪流感病毒的核酸序列。自1933年以来甲型流感病毒已经历了4次抗原转变：1933—1946年为H0N1(原甲型，A0)，1946一1957年为H1N1(亚甲型，A1)，1957—1968年为H2N2(亚洲甲型，A2)，1968年以后为H3N2(香港型，A3)。一般新旧亚型之间有明显的交替现象，在新的亚型出现并流行到一个地区后，旧的亚型就不能再分离到。