抗微生物肽或抗菌肽是先天免疫反应进化过程中相对保守的成分。在所有生物类别都有抗微生物肽。

抗微生物肽是强效的，广谱抗生素，可望成为新型治疗剂。实验证明抗菌肽能杀死革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌(包括那些对常规 抗生素有抗药性的菌种), 分枝杆菌(包括结核杆菌),具外套膜病毒,真菌,甚至转化的细胞或癌细胞。不同于许多传统的抗生素,抗菌肽还可以作为免疫调节剂以提高免疫力。

抗菌肽是很小的蛋白质, 一般在12至50个氨基酸残基。这些抗菌肽有两个或两个以上的由精氨酸,赖氨酸,和(在酸性环境中的)组氨酸提供的正电残基。一般有多于百分之五十的疏水性氨基酸残基

抗微生物肽的杀菌方式多种多样。包括干扰破坏细菌膜，干扰细菌代谢或直接作用于胞浆成份。当然，在许多情况下确切的杀菌机制不详。与许多传统的抗生素不同，抗微生物肽似乎是以杀菌为主而非抑菌。

除了直接杀死细菌，抗菌肽也有一些免疫调节功能,可参与清除感染,包括能够改变宿主基因的表达, 作为类趋化因子或诱导趋化因子的产生,抑制内毒素诱导的炎性细胞因子产生,促进伤口愈合, 调制树突状细胞的反应和调节免疫细胞的适应性免疫反应。动物模型实验表明,宿主抗菌肽,不仅可以清除感染还能预防感染。

这些抗菌肽为发展新型的治疗药物的最佳候选。与传统的抗生素相比之下， 抗菌肽似乎没有抗药性,杀菌谱广，杀菌时间短暂。根据一些自然的多抗菌肽及其衍生物,已开发出一些新型抗感染药物用以治疗各类感染如口腔粘膜溃疡, 囊性纤维化的肺部感染与，和局部的皮肤感染.