折叠片
汉语词语
折叠片是汉语词汇,拼音zhé dié piàn,解释为记录项标识了折叠片在分子中位置。
综述
折叠片记录项标识了折叠片在分子中的位置,以及起始和终止残基,并对每个折叠片进行了命名和编号。
记录格式
列 数据类型 字段名称 定义描述
8 - 10 Integerstrand折叠片的分支链(strand)的编号,从1开始逐次增加。
12 - 14 LString(3) sheetID 折叠片的标识符。
15 - 16 Integer numStrands 折叠片中分支链的数目。
18 - 20 Residue name initResName 起始残基的名称。
22 Character initChainID 分支链中起始残基的主链标识符。
23 - 26 Integer initSeqNum 分支起始残基在主链中的排序号。
27 AChar initICode 分支链起始残基的插入代码。
29 - 31 Residue name endResName 末端终止残基名称。
33 Character endChainID 终止残基的主链标识符。
34 - 37 Integer endSeqNum 终止残基的主链排序号。
38 AChar endICode 终止残基的插入代码。
39 - 40 Integer sense 相对于前导链的意义。数字0代表第一前导链,1代表相对为顺式,-1代表相对为反式。详细解释见后细节部分。
42 - 45 Atom curAtom 分支链标识信息:前分支链中原子的名称。
46 - 48 Residue name curResName 分支链标识信息:前分支链中的残基名称。
50 Character curChainId 分支链标识信息:分支链的主链标识符。
51 - 54 Integer curResSeq 分支链标识信息:前分支链残基的主链序列排号。
55 AChar curICode 分支链标识信息:前分支链的插入代码。
57 - 60 Atom prevAtom 分支链标识信息:导分支链的原子名称。
61 - 63 Residue name prevResName 分支链标识信息:导分支链的残基名称。
65 Character prevChainId 分支链标识信息:导分支链的主链标识符。
66 - 69 Integer prevResSeq 分支链标识信息:导分支链残基的主链序列排号。
70 AChar prevICode 支链标识信息:导分支链的插入代码。
细节
分支链的起始残基为氮末端残基,39-70描述的是分支链的标识信息。列出的分支链从折叠片的一边开始,后续为与其空间上相临近的其他分支链。
39-40列阐述了分支链相对顺反的意义,分支链n相对与n-1如果是顺式,则赋值为1,反之,分支链n相对分支链n-1如果是反式,则赋值为-1,而此折叠片的第一分支链就赋值为0。
42-70列详细说明了n与n-1的每对分支链间的一个氢键,这在当前链与前导链间均给出。主链的第一前导链没有此标识信息。
对于一个闭合的折叠片(β桶)结构,第一条分支链就是最后一条分支链,可以在REMARK部分看到解释性的说明。
分离的分支链或者是有两个或多个氨基酸序列不连续部分残基的趋向的分支链也被列出,并且在REMARK部分有关于它的描述。
示例
示例1:
1 2 3 4 5 6 7
1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
SHEET 1 A 5 THR A 107 ARG A 110 0
SHEET 2 A 5 ILE A 96 THR A 99 -1 NLysA 98 O THR A 107
SHEET 3 A 5 ARG A 87 SER A 91 -1 N LEU A 89 OTyrA 97
SHEET 4 A 5 TRP A 71 ASP A 75 -1 N ALA A 74 O ILE A 88
SHEET 5 A 5 GLY A 52 PHE A 56 -1 N PHE A 56 O TRP A 71
SHEET 1 B 5 THR B 107 ARG B 110 0
SHEET 2 B 5 ILE B 96 THR B 99 -1 N LYS B 98 O THR B 107
SHEET 3 B 5 ARG B 87 SER B 91 -1 N LEU B 89 O TYR B 97
SHEET 4 B 5 TRP B 71 ASP B 75 -1 N ALA B 74 O ILE B 88
SHEET 5 B 5 GLY B 52 ILE B 55 -1 N ASP B 54 O GLU B 73
从这个示例可以看出SHEET A共有5条分支链,列14为SHEET标识符,列10为分支链标号,列16表示SHEET中的分支链总数。分支链1是从主链A107位的苏氨酸(THR)到主链A110位的精氨酸(ARG),后面40列数字0代表了此链是首链。第二行是分支链2,从1到37列意义是主链A96位的赖氨酸(LYS)到主链A99位的苏氨酸(THR),后面的-1代表其与它的前导链关系是反式。后面表示A链98位赖氨酸上的氮与前导链A107位的苏氨酸(THR)上的氧之间形成氢键。后面其他SHEET意义都可以参考上面的注解。
示例2:
下面列出的BS1折叠片是一个8条分支链的β折叠桶。这个例子表现了闭和折叠片的首分支链和最后一条分支链是同一条链。其他含义可以参考示例1的注释。
SHEET 1 BS1 9 VAL 13 ILE 17 0
SHEET 2 BS1 9 ALA 70 ILE 73 1 O TRP 72 N ILE 17
SHEET 3 BS1 9 LYS 127 PHE 132 1 O ILE 129 N ILE 73
SHEET 4 BS1 9 GLY 221 ASP 225 1 O GLY 221 N ILE 130
SHEET 5 BS1 9 VAL 248 GLU 253 1 O PHE 249 N ILE 222
SHEET 6 BS1 9 LEU 276 ASP 278 1 N LEU 277 O GLY 252
SHEET 7 BS1 9 TYR 310 THR 318 1 O VAL 317 N ASP 278
SHEET 8 BS1 9 VAL 351 TYR 356 1 O VAL 351 N THR 318
SHEET 9 BS1 9 VAL 13 ILE 17 1 N VAL 14 O PRO 352
示例3:
下面是个折叠片结构被分为两部分的实例,为了表现这一特征,定义了两个折叠片,分支链BS7的2链和分支链BS8的3链是同一条链。
SHEET 1 BS7 3 HIS 662 THR 665 0
SHEET 2 BS7 3 LYS 639 LYS 648 -1 N PHE 643 O HIS 662
SHEET 3 BS7 3 ASN 596 VAL 600 -1 N TYR 598 O ILE 646
SHEET 1 BS8 3 ASN 653 TRP 656 0
SHEET 2 BS8 3 LYS 639 LYS 648 -1 N LYS 647 O THR 655
SHEET 3 BS8 3 ASN 596 VAL 600 -1 N TYR 598 O ILE 646
参考资料
最新修订时间:2024-05-21 13:18
目录
概述
综述
记录格式
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