1917年7月21日，海军总长程璧光率海圻、海琛两巡洋舰，飞鹰、同安、豫章三驱逐舰，永丰、舞凤、永翔、楚豫四炮舰，福安号运输舰等十艘军舰由上海南下广州宣布支持护法运动，史称“护法舰队”。

1917年9月，孙中山被非常国会选举为海陆军大元帅。大元帅府起初设在黄埔公园，护法舰队的主力就驻泊在黄埔水面，担任警戒。

9月下旬，大元帅府迁往广州河南（珠江河以南）的士敏土厂。

10月下旬，海军在长堤海珠公园设办事处，后来成为舰队司令部、军政府海军部的驻地，此处与大元帅府遥遥相望，互为犄角。

当时桂系军阀驻在广州，专横跋扈，把谁也不放在眼内，连省长亲军的饷银也要看他们的脸色，从他们的手指缝里抠。

1917年8月，桂系督军陈炳焜又逼广东省长朱庆澜辞职，朱庆澜实在无法忍受桂系欺凌，更不想自己20营亲军落到桂系军阀手上，便想把省长亲军20营交给程璧光，改组为海军陆战队。

孙中山也想取得这支部队为革命服务，便向程璧光提出自己的想法，经过程璧光向桂系疏通，孙中山取得了这支部队，于10月18日拨给陈炯明接管，作为援闽粤军，开赴漳州。

当时桂系的策略是：联冯（国璋）制段（祺瑞）控孙（中山），处处为难孙中山。桂系军阀莫荣新代理广东总督后，变本加厉，使孙中山如芒刺在身，但手中没有兵权无可奈何。1918年1月1日，孙中山令参议刘德泽约海军和滇军团长赵德裕商量，准备讨伐破坏护法的广东督军莫荣新。莫荣新知道风声，便先下手为强，于1月2日拘捕孙中山卫队官兵60余人，枪杀连排长及士兵多人，连军政府派出的募兵委员也遭到捕杀。孙中山十分气愤，他向程璧光借海军驱桂，但程璧光又不想与桂系决裂。

程璧光是广东香山人，早年加入同盟会，与黎元洪关系很好，与国民党有渊源关系，与桂系首领也是朋友。他拥有舰队实力，成了各方面拉拢的对象。由于海军需要给养，他谁也不敢得罪，所以没有同意孙中山的要求。无奈之下，孙中山便直接命令豫章舰长吴志馨、同安舰长温树德炮轰莫荣新的督军处。

1月3日晚上，孙中山登上豫章舰，率领豫章、同安二舰向越秀山督军署发炮轰击。孙中山发了数炮，又督促炮手继续发射数十炮，大解心头之恨。莫荣新见有炮打来，也发炮还击，至天亮始止。世称“炮教莫荣新”。经“炮教”后，莫荣新知道孙中山不好得罪，第二天（1月4日）便请人调停。

孙中山向莫荣新提出：莫荣新要承认军政府为护法各省的最高领导机构，承认大元帅有统率军队之权，承认广东督军应由广东人选任，必要时大元帅得加以任免等条件。莫荣新表示很快将请示陆荣廷，给孙中山答复，并于当日亲赴大元帅府向孙中山道歉请罪。1月9日，孙中山约了伍廷芳、程璧光、吴蓬伯、徐国卿及粤省总商会、七十二行善堂、报馆、工界等各团体代表60余人，到军政府参加茶会，说明军政府成立之必要，指出炮轰督军府其实是出于无奈，“实所以表公道，申不平，而使军政府自辟其生路也。”参加茶会的工商各界代表也表示赞成大元帅主张，要尽力辅助军政府。炮教莫荣新取得显著效果。

但是，学术界也有另外一种说法，认为孙中山令军舰炮轰粤督处，导致军政府被迫改组，大元帅的一长制改为政务总裁合议制，迫使孙中山辞职离开广州，是第一次护法运动陷于失败的原因。因而，“炮教莫荣新”是失败的等等。

可是程璧光并不知道“炮教莫荣新”是孙中山密令的，以为豫章舰长吴志馨和同安舰长温树德未经上峰批准，便擅自进行军事活动，于是把豫章舰长吴志馨、同安舰长温树德一齐撤了职。

由于“海圻”舰在欧美访问时潘文治的出色表现给程璧光留下深刻印象，潘文治被程璧光派往豫章舰任舰长。

这件事引起了孙中山左右的不满。这时程璧光、唐继尧、岑春煊、李烈钧等人为谋求护法各省的统一，又准备召开西南各省联合会议。岑春煊、唐继尧还想以联合会议取代军政府，与北方议和，并开始与直系联系。在程璧光支持下，公布了条例，召开了成立会。国民党人对此深为不满，明里暗里进行抵制，使联合会议受阻。反对孙中山的各派势力又转而推动联合会议与军政府合作，把军政府改为合议制。

1918年2月2日，莫荣新、唐继尧、伍廷芳等人邀请孙中山，在海珠岛召开会议，讨论如何改组军政府。并建议，改元帅名称为政务院总裁。另设总裁6人，分管其他政务。这样，大元帅的权力就削减到原来的七分之一。此时广东地方武装的首领李福林、魏邦平、翟汪等又主张易督，改由程璧光担任粤督。以朱执信为首的革命党人便误认为程璧光勾结陆荣廷，反对孙中山。这时，中华革命党内，有的同志把暗杀作为抗敌的一种手段，于是朱执信便下令萧觉民、李汉斌暗杀程璧光。2月26日晚8时，萧、李二人在海军办事处所在地海珠岛对岸，枪击程璧光。程璧光胸部中弹，次日逝世。可惜功勋卓著的护法海军将领，误丧革命党人之手，孙中山十分痛心。

1918年3月1日，非常国会根据孙中山的谘请，颁令国葬荣典。又追念其护法之功，在海珠公园（即从前省总工会，现儿童图书馆前一个手拿铁锤的工人处）建立铜像以资纪念。至上世纪60年代，才以工人塑像代替了程璧光的铜像。

由于护法军政府海军总长程璧光被刺，护法舰队的领导人员和广大官兵思想动荡，部分闽系海军官员，不安于驻粤护法，而非闽系官兵却愿意继续留在广东护法。双方同床异梦，貌合神离，严重影响护法舰队的团结。5月，桂系军阀和政学系胁持孙中山，于1918年1月7日将大元帅制改为总裁制。孙中山被迫赴上海。桂系军阀便向北洋军阀靠拢，将护法军政府撤消，海军内部矛盾日增。

1919年，护法舰队司令林葆怿迫于内部矛盾，主动离职，由肇和舰舰长林永谟接任护法舰队司令。林永谟放纵闽籍士兵，排斥外省籍士兵，强迫他们离舰，内部军纪荡然无存，甚至有谣言说护法舰队要叛变离粤。

1920年，孙中山回到广州，鉴于护法舰队闽外两派的严重分歧已影响到革命事业的巩固和发展，他决心对海军进行整顿和改革，着重解决闽系的不听指挥，盲目排外的宗派行为。

他决定采取军事行动，夺回领导权。

孙中山首先密任护法舰队海军参议温树德为改革舰队的临时总指挥。原广东海军人员陈策为副指挥。温树德即密令被迫离舰的官兵与各舰联系，作为内应。另外，抽调护法舰队和江防海军中忠实于孙中山的官兵，发给他们手枪、炸弹，给他们分配任务，并决定了夺舰的时间、方法。

当时，驻泊黄埔港被闽系非法控制的军舰有“海圻”、“海琛”、“肇和”、“飞鹰”、“福安”5舰。驻白鹅潭的军舰有“永丰”、“永翔”、“楚豫”、“同安”、“豫章”5舰。因此，夺舰行动分头进行。

1920年4月27日中午12时半，黄埔海面正在涨潮，各舰官兵正在吃午饭。盛延祺和田士捷、李毓藩率领敢死队20人，乘“宝山”、“逢昌”两艘小轮趁涨潮直驶“海圻”舰，盛延祺首先持枪飞跃而出，纵身登上“海圻”舰舷梯，敢死队跟着一涌而上，封锁“海圻”舰各舱口，同时抢占了各个炮位和弹药舱，“海圻”舰被迅速占领。赵梯昆也派人抢占了“海琛”舰。然后向闽籍士兵做思想工作，只有少数人反抗，夺舰工作顺利开展。接着，盛延祺（白沙）所在的“肇和”舰率先将白旗升起，表示归顺，其余各舰也顺利占领。

白鹅潭方面，主要攻取的有“楚豫”、“永丰”、“永翔”3舰。首先发动“楚豫”舰内力量，向全体官兵讲明海军到粤护法是为了革命，闽人不应迫害、排挤外省籍官兵。

结果占领顺利。这时，潘文治已调到“永翔”舰任舰长支持夺舰。“豫章”、“同安”舰的舰长也是忠于孙中山的，十分配合这次夺舰，所以很快便顺利占领。海珠司令部由于有警卫营的策应，也同时被占领。下午4时，护法舰队的10艘军舰，全部被夺占。闽籍官兵全部上岸集中，除扣押3名为首分子外，其余经教育整顿，全部发给路费，返回原籍。

孙中山夺回海军领导权后，任命温树德为海军司令兼“海圻”舰舰长，田士捷为“肇和”舰舰长，何瀚澜为“海琛”舰舰长，潘文治为“楚豫”舰舰长，欧阳琳为“同安”舰舰长，欧阳格为“豫章”舰舰长。其余的“永丰”、“永翔”、“福安”、“舞凤”等舰均由支持孙中山的广东海军人员充当舰长。

舰队经此改革，重新整建，宣言表示拥护孙中山的护法革命事业。