半知菌是一群只有无性阶段或有性阶段未发现的真菌。它们当中大多属于子囊菌，有些属于担子菌，只是由于未观察到它们的有性阶段，无法确定分类地位，因此归于半知菌。事实上，一些无性阶段很发达，有性阶段已发现但不常见的子囊菌和担子菌，习惯上也归在半知菌中，故这些真菌有两个学名。它们有性阶段的学名是正式的学名，而无性阶段的学名实际上使用更广泛，通常也认为是合法的。半知菌中有许多是植物病原菌，有的是重要的工业真菌和医用真菌，有的是植物病虫害的重要生防菌。
半知菌的营养体为发达的
有隔菌丝体，少数是单细胞的，菌丝体可形成菌核、子座等结构。
无性繁殖大多十分发达，主要以芽殖和断裂的方式产生
分生孢子。分生孢子的个体发育有菌丝型和芽殖型两大类型。菌丝型的分生孢子又称为节孢子，是由营养菌丝细胞以断裂的方式形成的；芽殖型的分生孢子是产孢细胞的一部分经膨大生长形成的。根据分生孢子细胞壁的来源及形成方式，上述两大类型下面又可划分为若干种类型。半知菌的分生孢子着生在散生、束生的
分生孢子梗上或
分生孢子座上，或着生在
分生孢子盘或
分生孢子器内。分生孢子的形态变化很大，大致可分为7种类型。半知菌虽缺乏有性阶段，但有的可能进行
准性生殖。
半知菌亚门分为3个纲：芽孢纲、丝孢纲和腔孢纲。芽孢纲真菌与植物病害无关，另两个纲中包含许多重要植物病原菌。由于半知菌包括许多没有一定系统发育关系的真菌，归于同一个分类单元内的半知菌 ，并不一定有相近的亲缘关系，因此它的分类单元与其他真菌的性质不同。
丝孢纲真菌的分生孢子不产生在分生孢子盘或分生孢子器内。分生孢子个体发育类型在这一类群真菌的分类中已受到广泛的重视和应用。一般认为 ，在一个形态相似的半知菌群体中，具有相同的分生孢子个体发育类型的个体间可能具有相近的亲缘关系，因此有助于半知菌的分类趋向合理。本纲分4个目，其中与植物病害关系较大的是丝孢目、
瘤座菌目和无孢目，有些是十分重要的植物病原菌。丝孢目真菌的分生孢子梗散生；束梗孢目的分生孢子梗聚生成孢梗束；瘤座菌目的分生孢子着生于分生孢子座上；无孢目不产生分生孢有的可能产生
厚垣孢子。
腔孢纲真菌的分生孢子产生在分生孢子盘上或分生孢子器内，分生孢子梗短小。分2个目：黑盘孢目真菌形成分生孢子盘；球壳孢目真菌形成分生孢子器，其中有不少是重要的植物病原菌。