公元前，元封元年11月，汉武帝刘彻召集12部将军，调集18万人马，巡视朔方，威震匈奴，大军沿秦直道北上，出长城，登单于台，直到边关，匈奴未敢出兵交战。汉武帝等了数日，因怕误了封禅时间，便决定收兵回京。为了节省时间，大军没有从原路返回，而改从延安以南直插
坊州。
当路过阳周郡(今黄陵县)桥山时，看到山顶上高大雄伟的黄帝冢，忙问随行人员：“吾闻黄帝不死，这里为何有黄帝冢?”方士孙公卿应声回答说：“
黄帝乘龙升天，桥国臣民不舍，拽下他的衣物埋葬于此。这里是黄帝的衣冠冢”。汉武帝听罢，仰天长啸，低头长叹说：“嗟呼!吾诚得如黄帝，愿把江山和妻室儿子像脱鞋那全都抛弃，什么也不要了!”
这位16岁当上皇帝、又一心想成神仙的汉武帝，无论到了什么地方都要修筑祈仙台，备礼致祭。据说，武帝采取人海战术，命令士兵，每人一担土，一夜之间就在黄帝陵对面修起一座九转祈仙台。第二天，旭日东升，汉武帝命令18万大军列队桥山，俯首默祭。武帝卸下盔甲，挂在一棵柏树上，然后独自登上祈仙台，祈祷黄帝保佑他长生不老，日后成仙升天；也保佑大汉江山永远太平。祭祀完毕，当天领兵返回长安。这就是后来人们所说：“18万大军祭黄陵”。
从这以后，汉武帝挂过盔甲的这棵柏树，周身上下，斑痕密布，纵横成行，柏液中出，似有断钉在内，枝干皆然。这就是桥山柏中的“挂甲柏。”特别是每年清明节前，这棵古柏枝干上流出的柏液凝结为球状，就像挂满了珍珠宝石，闪闪发光，晶莹夺目，经阳光反射尤为壮观，吸引着各地前来谒陵拜祖的人。然而清明节一过，柏液中断，古柏从枝到杆又恢复了原来的模样。
黄帝手植柏，位于庙门内左侧约2米处，距今五千多年，相传此柏为轩辕黄帝时期所植，故称“黄帝手植柏”，这棵古柏，枝干苍劲挺拔，柏树叶青翠，主干略向南倾斜。树高19米，胸径11米，实为群柏之冠。
《图书集成》记载：“中部县有轩辕柏，在轩辕庙。考之杂记，乃黄帝手植物，围二丈四尺，高可凌宵”。当地有谚云：“七搂八拃半，疙里疙瘩不上算”。轩辕手植柏为轩辕庙内首要保护的古柏。
手植柏外围铁栅栏，1965年5月10日在手植柏东南侧砖砌壁下部正中镶嵌一长条形圆顶石碑，上刻：“
黄帝手植柏”五字，上部镶嵌一长方形石碑：手植柏，上书简介。
庙院内另有一柏“挂甲柏”，位于大殿前右侧，原名“将军柏”。此柏树干斑痕密布，纵横成行，似有断钉在内。据传西汉元封元年(前109)，汉武帝北征朔方还，祭黄帝陵时在此树干上钉钉挂盔甲所致，故称“挂甲柏”。科学鉴定，该树属柏树中的稀有种类。
挂甲柏外围铁栅栏，树下西北侧立一砖砌壁。下部正中镶嵌一长条形圆顶石碑。上刻程寿筠所书：“志载汉武帝巡朔方还挂甲于此树”十四字，上部镶嵌1965年书写介绍挂甲柏的一长方形石碑。