指挥使司，机构名。清代武职土司之一。

清初沿元明以来旧制，于少数民族地区建立文、武职土司制度，由当地部族首领世袭土司职官。其武职土司有指挥使司、宣慰使司、宣抚使司、安抚使司、招讨使司及长官司等六种。指挥使司的土官计有：指挥使、指挥同知、指挥佥事、千户、副千户、百户、百长七个等级，各有所辖之土民、土兵，并受地方督抚或办事大臣等统辖。另在甘肃、四川两省，尚有副百户名目， 不在上述七等之内。参见“土司”、“土官”。