早在
清朝嘉庆年间，中国北方就有
捻子活动。1852年（咸丰二年），
安徽淮北地区的
涡阳、
蒙城、
亳县一带遭到大旱，入捻的农民逐渐增多。19世纪初，安徽北部及河南、山东、江苏等省部分地区的农民秘密组织“捻党”，以反抗封建压迫、寻求生活出路。
1851年（咸丰元年）至1868（
同治七年）爆发于
黄河、
淮河流域，由捻党转化而来的农民起义军的反清战争。在皖、豫、鲁、苏、鄂交界地区，形成十余支相对独立的队伍，并逐步由分散、零星的斗争趋向联合。
清政府虽然一直严禁结捻，但是由于捻党是分散零星的武装活动，所以还没有把它视为大患。
捻军是在捻党（“捻”系皖北方言，为一支一股之意）的基础上发展起来的。捻党组织产生于19世纪初（清嘉庆年间），是一种分散的农民小集团。1851年（清咸丰元年），淮河流域捻党不断起义。1853年，太平军北伐经过黄、淮流域，捻党起义全面展开，小股的捻党武装斗争逐步汇合为大规模的捻军武装起义。
起义以皖北为中心，遍布豫东南、鲁西南、苏北、鄂北地区，主要有张乐行、龚得树、苏添福、韩奇峰、侯士伟、王贯三、李昭寿、任乾、李大喜等10多支。但初期的捻军“居则为民，出则为捻”，各自为战，互不统属。1855年秋天，各路捻军首领聚集安徽亳州雉河集（今涡阳）会盟，推张乐行为盟主，称大汉永王（一作大汉明命王），统一号令，颁发布告，发布《行军条例》，确立军事纪律，建立五旗军制。此后，捻军开始联合作战，但仍以“打粮”夺取生活资料为主要目的，尚无明确的战略目标。捻军各部以淮北为根据地，四面出击，队伍有一定的发展。1856年，河南、安徽等省清军向淮北捻军基地进攻。捻军被迫由进攻作战转入防御作战，雉河集数度失守。为了摆脱被动局面，1857年春，张乐行率捻军主力渡淮河南下，占领三河尖（今河南固始东北）。时太平军
陈玉成、
李秀成部正自安徽桐城北上舒城、六安一带作战。张乐行派龚得树自三河尖南下，迎接北上的太平军，3月，两军会师。太平军在捻军配合下，攻占霍丘，交予捻军驻守。此后，捻军接受太平天国领导，与太平军联合作战，但听封而不听调，时分时合。不久，因太平军撤离，捻军单独抗击清军的围攻，被迫转入守势，三河尖、霍丘、正阳关（今安徽寿县西南）等地先后失守；又因内部发生矛盾，大批捻军北归，淮南捻军兵力大减。
1858年5月，六安失守，张乐行遂率军北上，于6月连克怀远、临淮、凤阳，控制了淮河中游，切断了清军的水上交通。此后，捻军又南下淮南，配合太平军作战，占定远，援安庆。1861年秋，太平天国战略要地安庆失守，捻军失去依托，难以立足，张乐行乃于是年12月率捻军从定远撤退，北归颍上，淮南战事结束。当捻军主力南下之后，留在淮北的捻军坚持斗争，后随着淮南捻军大批北归，力量得到恢复壮大。各部捻军依托圩寨抗击清军围攻，保卫根据地，又采取东西并进方针，以流动作战方式，进攻河南、山东、苏北，扩大捻军区域。在河南，孙葵心部、刘玉渊部于1859～1860年先后取得舞阳北舞渡、太康马埠、汝阳（今汝南）野猪冈等歼灭战的胜利，推动了豫东南陈大喜、张凤林部捻军起义。在山东，捻军转战数十州县，直达海滨。在苏北，张宗禹部于1860年袭占重镇清江浦。1860年冬，第二次鸦片战争结束，清廷急调蒙古科尔沁亲王僧格林沁由直隶（约今河北）南下攻捻。捻军在山东机动灵活地与清军周旋，捕捉战机。次年春，先后在巨野羊山集、菏泽李家庄、汶上杨柳集三败僧格林沁。但淮北捻军根据地却日渐缩小。1862年（同治元年）5月太平天国重镇庐州（今合肥）失守，清廷调集安徽、河南等地清军，由僧格林沁统一调遣，对淮北捻军南北夹击。捻军兵力分散，各自依托圩寨消极防守，被动挨打，抵挡不住清军进攻。1863年3月，雉河集失守，张乐行等2万多将士先后殉难，淮北根据地丧失。
雉河集之战失败后，张宗禹等率突围出去的捻军转战于河南、湖北，并一度进入淮北夺回雉河集；任化邦率部活动于山东各地。由于豫东南捻军陈大喜部和其他农民起义武装加入，力量得到一定的恢复。1864年7月，太平天国天京（今南京）陷落，活动于鄂、豫、皖边界地区的捻军和太平军余部遭清军围追堵截，损失惨重。1864年12月，张宗禹、任化邦等率捻军进入豫南，与遵王
赖文光所统太平军余部合并整编，组成了一支集中统一的捻军部队，赖文光被推为全军统帅。整编后的捻军逐步发展到10万余人，仍沿用五旗军制，易步为骑，增强机动能力，作战方式以快速流动、设伏围攻见长。捻军与清军角逐于河南、山东，在快速流动中调动敌人，寻找战机，在河南邓州、南阳、鲁山等地多次击败跟踪追击的僧格林沁军。1865年5月，在山东菏泽高楼寨之战中，取得一举击毙僧格林沁、歼敌7000余人的辉煌胜利。但战后决策迟缓，未能进一步扩大战果。其后，两江总督、钦差大臣曾国藩奉命督办直、鲁、豫三省军务，调集湘军、淮军，采取重点设防、以静制动的方略，变单纯尾追为迎头截击与跟踪追击相结合。赖文光、张宗禹率捻军时分时合，在清军圈定的重点防区安徽、河南、山东、江苏等地往返穿插，流动游击。1866年夏，曾国藩又改取“聚兵防河”的方针。9月，捻军在河南开封芦花冈，击溃豫军，突破其沙河、贾鲁河防线，突入山东境内。捻军在山东抢渡运河未成，随即折回河南。由于清军的“围剿”，捻军长期处于流动游击之中，没有立脚的基地，得不到友军的配合、支援，战略上极其被动。赖文光深感“独力难持，孤军难立”，为了摆脱清军的围攻，遂于1866年10月在河南分兵：张宗禹率一部进军陕西，联络回民起义军，为西捻军；赖文光率一部在中原坚持斗争，为东捻军。是年12月，赖文光率东捻军3万余人，放弃进入山东运河东部地区的努力，经河南入湖北，准备占领荆襄之地，相机入川。在钟祥罗家集、安陆杨家河连获两捷，歼清军数千人。但抢渡汉水未成，1867年2月尹隆河之战又先胜后败，伤亡将士1.8万余人，遭受严重挫折。而后数次抢渡汉水均为清军所阻，被迫放弃入川、入陕计划。6月，再入山东。时接替曾国藩负责“剿捻”的钦差大臣李鸿章采取“扼地兜剿”的方针，调集皖、豫、鄂、苏、直、鲁等省清军，重兵防守黄河、运河、胶莱河。捻军冲破清军运河防线，却又误入胶莱绝地。在近150千米的地段，百营清军筑长墙、挖壕沟，分段防守，捻军左冲右突，转战月余，才于8月中旬突破胶莱河防线，但仍未能跳出李鸿章的河防包围圈，连战皆败，终于1868年1月在江苏扬州境败灭。1866年11月，张宗禹率西捻军3万余人进入陕西，次年1月，在西安东郊设伏，取得十里坡之战的胜利，一举围歼湘军3000余人。随后在回民起义军的配合下，转战渭水南北，打破陕甘总督左宗棠“分扼要隘，布置关锁”的长围战略，突进陕北。1867年底，张宗禹得知东捻军处境危艰，遂率西捻军由陕北渡黄河入山西，经豫北长驱冀中平原。但东捻军已败灭，西捻军“进失所援，退无所归”，遭到10余万清军的围追堵截。1868年4月，南下山东，重蹈东捻军覆辙，陷入河防之围，数次抢渡运河未成，连战不利，损失严重。8月，在山东茌平徒骇河边全军覆没。至此，捻军起义战争基本结束。
捻军在作战中充分发挥骑兵的特长，采用流动战术，积极制造和捕捉战机，创造了不少成功的战例。但是，起义缺乏明确的政治纲领和斗争目标；组织涣散，分合无常，始终没有形成一个集中统一、坚强有力的领导集团；对根据地建设重视不够；长于野战而不善于攻坚，消极防守，被动挨打，终于失败。