接合孢子（zygospore）是由菌丝生出的结构基本相似，形态相同或略有不同的两个配子囊接合而成。首先，两个化学诱发，各自向对方伸出极短的特殊菌丝，称为接合子梗 。

接合孢子是由菌丝生出的结构基本相似,形态相同或略有不同的两个配子囊接合而成。首先，两个菌体各自向对方伸出极短的特殊菌丝，称为接合子梗 (zygophore)。性质协调的两个接合子梗成对地相互吸引，并在它们的顶部融合形成融合膜。两个接合子梗的顶端膨大，形成原配子囊。而后，在靠近每个配子囊的顶端形成一个隔膜--配子囊隔膜，使二者都分隔成两个细胞，即一个顶生的配子囊柄细胞，随后融合膜消解，两个配子囊发生质配，最后核配。由两个配子囊融合而成的细胞，起初叫原接合配子囊。原接合配子囊再膨大发育成厚而多层的壁，变成颜色很深、体积较大的接合孢子囊，在它的内部产生一个接合孢子。应该强调的是，接合孢子囊和接合孢子在结构上是不相同的。接合孢子经过一定的休眠期，在适宜的环境条件下，萌发成新的菌丝。

根据产生接合孢子菌丝来源或亲和力不同，一般可分为同宗配合和异宗配合两类。例如毛霉目中就存在这两种类型。所谓同宗配合，即每一菌体都是自身可孕的，不靠别的菌体帮助而能独立地进行有性生殖。显然，没有两性异体的霉菌是同宗配合的。如有性根霉单一的孢囊孢子萌发后，所形成的菌丝体，当相邻两菌丝靠近时，经过如前所述的过程，便可产生接合孢子。甚至同一菌丝的分枝间也可接触而形成接合孢子。所谓异宗配合，是指每一菌体都是自身不孕的，不管它是否雌雄同体，都需要借助别的可亲和菌体的不同交配型来进行有性生殖。换言之，接合孢子的产生需两种不同质的菌丝相遇后才能形成，而这两种有亲和力的菌系，在形态上并无什么区别。毛霉目中多数种如匐枝根霉、高大毛霉等均以此方式形式接合孢子。异宗配合来自不同质菌丝，那么如何辨认它们呢?这两种菌丝分化形成的配子囊，二者在形态、大小上无法区别，更无雌雄之分，但生理上确有差异，所以常用接合作用来判断。一般以“+”和“-”来表示两个不同质的细胞，即认定一种配子囊为“+”，凡能与之结合形成接合孢子的配子囊则为“-”，否则为“+”。