控制运行有效性强调的是控制能够在各个不同的时点按照既定设计得以一贯执行。控制测试应包括两个方面：控制设计测试和控制执行测试。

控制测试指的是测试控制运行的有效性。

控制执行测试主要是指针对被审计单位内部控制制度执行的有效性进行测试，即被审计单位的控制政策和程序是否实际发挥作用。被审计单位的某项控制设计得再好，如不实际发挥作用，也不能减少报表认定出现错报的风险。因此，在对有价证券控制设计进行测试，认为该控制设计合理之后，还应实地观察有价证券是否实际存放在单位或银行的保险箱中。

测试某项控制执行的有效性，应着重查清以下三个问题：这项控制是怎样应用的？是否在年度中一贯应用？由谁来应用？

如某项控制在年度中是由被授权的人员适当且一贯应用，那该项控制政策或程序就得到了有效的执行。相反，如未能适当和一贯地应用，或由未被授权的人员来应用，则说明控制执行失败。人们把这种控制执行的失败或不当，习惯上将之称作为“偏差”、“偶发事件”或“例外”，而不称作为“错报”。

因为某些控制执行失败或不当，只意味着会计记录中有可能出错，但并不是一定会出错。例如，客户的一些销售发票没有经由第二个经办人独立验证其正确性，则属于一项控制偏差，但如果第一个经办人员已正确地填写了发票，那么，会计记录仍然可能是正确的。