“搔菌”就是用搔菌机（或手工）去除老
菌种块和菌皮，这是促使菌丝发生原基的重要措施，通过搔菌可使
子实体从
培养基表面整齐发生。
食用菌袋从接种到长满，不同品种有差异，
发菌期需30--40天。在发菌过程中，由于
菌丝生长造成呼吸热使水分蒸发，上层菌丝老化，甚至形成菌皮菌膜，阻碍空气相对湿度与内部菌丝接触，对新鲜空气接触不畅，延长出菇时间，即使出菇也不整齐。搔菌后，新生菌丝生命力旺盛 ，接触新鲜空气、空间相对湿度，从而达到菇齐苗壮。
对于覆土栽培来说，搔菌的目的还为了保证覆土的疏松结构，造成许多易于结菇的小气候，这些小气候是保证结菇的多寡也就决定了蘑菇高产与否的关键。他的好处是出菇较齐，易于管理。
在一般情况下应先搔菌丝生长正常的瓶子，再搔菌丝生长较差的。若有明显
杂菌污染以不搔为佳。
杏鲍菇和
白灵菇在接种口扒去老菌块一元钱硬币大小，深0.5厘米，使菇蕾定位定向集中，个数少，便于子实体生长管理。
金针菇、
茶树菇和
真姬菇需要在袋口料面扒去所有菌皮，接种菌块0.5厘米。这样出菇密而整齐（金针菇再生法除外）。
双孢蘑菇，覆土的第3天上午将覆土补水到最大值即似泥非泥的程度，手握成团落地摔成2—4块即可。第3天下午或第4天搔菌。搔菌用手或5—6cm长2—3cm宽的钉耙扫耙覆土直到料面，这样搔耙的覆土越粗糙越好，此时许多地方菌丝已上土会完全破坏，但不必担心，当下面菌丝继续上长时会与这些菌丝相融合。 搔菌完毕后加大空气湿度，如向墙壁喷水，空气喷雾，地沟灌水等措施最大限度地保持相对湿度大于95%，空气及料温温度23—28℃，此时绝不允许通风直到看见床面土缝里菌丝有3/4的面积冒出方可通风降温。通风时一定要加强湿度使相对湿度不小于95%。保持这样的湿度直到土料中有小菇蕾扭结并长大到黄豆大小才可降低湿度，此时使相对湿度降低到80%—85%，第二天菇床覆土比前一天微干就可以了，此后每天喷水直到菇蕾长大成菇。搔菌时间因覆土材料的不同而不同，上述搔菌时间是以黄土为调配基土而设的。经搔菌的菇棚比对照不搔菌者前4潮产量高20%—40%。以黄土为材料，对照200平方米前4潮菇产量9.2kg/平方米，搔菌处理后产量13.6 kg/平方米。