1628年，其父死后继位。这时天山北部的
准噶尔部日益强盛，占据
伊犁河上游，不断向西扩展，经常侵扰哈萨克汗国东境和
叶尔羌汗国南境。为了抗击准噶尔部，他亲自与
布哈拉汗国约合，又多次派遣儿子头克前往叶尔羌汗国结盟。1635年，准噶尔部在
巴图尔珲台吉的率领下西征，他率众抵抗，失败后被俘虏，后来缴纳了大量的赎金，他被释放回国。1643年，巴图尔浑台吉又率兵5万西侵，他再次领兵抵抗，击退准军，但哈萨克汗国被迫臣属于准噶尔部，
伊塞克湖周遭也成为准部领地。1652年，由于他态度不恭，杀害护送其子头克回国的准噶尔部士兵，巴图尔浑台吉再次兴师问罪。扬吉尔汗竭尽全力进行抵抗，兵败被杀。其子弟为争夺汗位起内讧，强部首领也往往自立为汗，哈萨克汗国处于四分五裂的状态，成为准噶尔属国，准噶尔部往往在割据势力的大城中设立“喀拉罕”一员，作为监护使，监督各地的军事、政治和收取贡品。