教育部原设有直属高校工作司，后经中央编制委员会办公室批准，在组建教师工作司、调整职业教育与成人教育司等司局职能之后，教育部撤销了直属高校工作司，而是在高等教育司设立了直属高校工作办公室。主要负责指导直属高校制定发展战略规划，负责
省部共建大学工作，承担教育部直属高校工作咨询委员会秘书处日常工作，负责直属高校年度事业发展统计信息有关综合工作等。
为深入推进教育管理体制改革，全面贯彻落实教育规划纲要，经研究并报中央编制委员会办公室批准，教育部在组建教师工作司、调整职业教育与成人教育司等司局职能之后，决定成立综合改革司、巡视工作办公室;撤销直属高校工作司，在高等教育司设立直属高校工作办公室。
直属高校工作办公室的主要职责是：负责指导直属高校制定发展战略规划，负责与地方政府和有关部门共建直属高校等省部共建工作，承担教育部直属高校工作咨询委员会秘书处日常工作，负责直属高校年度事业发展统计信息有关综合工作等。