中华人民共和国教育部直属高等学校指由中华人民共和国教育部直属管理的一批高等学校，是中央部门直属高等学校的重要组成部分。

二十世纪末，经过高校管理体制的调整，中国的高等学校形成了中央政府和省级地方政府两级管理，以省级政府统筹管理为主的新体制。除少数关系国家发展全局的高校以及行业特殊性强的高校继续由国务院委托教育部和其他少数部门管理外，多数高校由地方管理或以地方管理为主。

2018年2月，教育部在京召开支持和提升中西部高等教育发展座谈会部署启动部省合建工作时强调，要通过部省合建这一新的机制和模式，在尚无教育部直属高校的省份，按“一省一校”原则，重点支持河北大学、山西大学、内蒙古大学、南昌大学、郑州大学、广西大学、海南大学、贵州大学、云南大学、西藏大学、青海大学、宁夏大学、新疆大学、石河子大学等14所高校建设。

2018年3月，教育部部长陈宝生在十三届全国人大一次会议记者会上答中外记者问时提到部省合建时解释说，“目前全国有13个省、自治区没有部属高校，再加上新疆生产建设兵团，这14家是‘13+1’。为了改变这种状况，教育部和这些地方一块儿商量，在过去省部共建的基础上搞了一个升级版，建立了部省合建这样一个机制，一省一校、部省合建。教育部把这些学校列入部属高校序列，相当于一种准部属高校身份，省、自治区和兵团对高校现有的支持力度不减、隶属管理不变，我们双方共同合力建设这14所高校。在不远的将来，使它能够快速成长为中西部高等教育的‘排头兵’，向‘国家队’水平迈进。这就叫作部省合建。这种学校可以把它叫作部建高校，这是一块金字招牌。”

截至2023年8月5日，中华人民共和国教育部直属的高等学校共有90所（原76所 + 部省合建14所），类型各异，是中央部属高校的主要组成部分。