教育部经费监管事务中心的主要职责是：受教育部委托，承办与教育经费监管相关的辅助性工作，提出意见建议；承办相关教育专项经费项目预算的前期论证、评估评审及绩效评价等具体工作，提交相关论证、评审和评价报告，为教育部进行决策提供参考；承办经费监管相关信息化建设工作和财务数据统计、汇总、分析工作；承办与直属高校、直属事业单位领导干部离任审计、单位撤并专项审计有关的具体工作和其他与财务管理有关的具体工作。
教育部经费监管事务中心于2010年10月正式成立，旨在为贯彻落实《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020年）》关于加强经费管理、完善
教育经费监管机构职能的要求，根据
中央机构编制委员会办公室《关于成立教育部经费监管事务中心的批复》（中央编办复字〔2010〕96号），经部党组研究决定，设立
教育部经费监管事务中心。