古晶（
周星驰饰）是有名的整人专家，他独来独往，专收取高昂费用，代人整蛊仇家及敌人，计划高超，手法独特，故被称为“整蛊界”第一高手。他开了一家整人公司。华仔和父亲共同生活，他在公司中备受赏识，并取得了副总经理的职位。就在庆祝他升迁的晚会上，他认识了匿名前来的公司董事长的女儿。二人产生了好感。经过一段时间接触，二人坠入爱河。这一切引起了同为追求者的金默基的嫉妒，于是他找来了古晶。古晶冒充华仔同父异母的弟弟进入他的家庭，从此一场大混乱开始了。默基不忿女友乐儿移情别恋，特意请古晶来对付文杰，要文杰失掉爱情与事业。杰为人可爱热诚，令晶不忍心下手，决意助杰对付默基，默基请来“整蛊之霸”对付众人，因而进行连场整蛊大斗法。
有一次，周星驰与王晶就无厘头的表演风格达成共识之后，他们很快切入了谈话的主题，就是他们下一部合作的影片该讲述怎样的一个故事。于是，
周星驰为影片首先提出了一个有趣的片名《整蛊专家》。“蛊”在字典里的解释是把许多毒虫放在器皿里，它们之间会互相吞食，最后剩下不死的就叫蛊，旧时传说是可以用来害人的。
王晶觉得《整蛊专家》这个名字很有意思，于是决定就用这个做片名。
《整蛊专家》是王晶在电影《赌侠》上映后开拍的。开拍时，王晶手上只有一个分场大纲，因此王晶感觉心里没底，而且王晶知道刘德华对自己在《
赌侠》里被周星驰抢尽镜头，心里是有一点不舒服的，所以在这部电影里王晶想平衡周星驰和
刘德华的戏分。王晶跟周星驰都是日本卡通的粉丝，都喜爱《
IQ博士》、《
多啦A梦》、《机灵小和尚》等卡通片。于是
王晶跟周星驰都不约而同地想把这些卡通片里最好笑的地方放进《整蛊专家》里。《整蛊专家》里周星驰饰演的古晶就来自卡通人物，因此
周星驰在塑造这个角色的时候采取了配合卡通的演法，即用真人去演绎卡通人物的表情和动作。
周星驰在《整蛊专家》里饰演一个不折不扣的骗子，他用尽不乏“屎尿屁”之流的各种“贱招”捉弄别人，虽稍嫌低俗却也想象力丰富，鉴于香港喜剧电影无厘头的风格定位，这些小骗术顶多算是玩闹式的整人把戏（
腾讯网评）。
相对于《整蛊专家》中
刘德华的低劣搞笑，周星驰在片中时时出人意表，高招源源无尽。“父子”相认的段落、戏弄公司同事、“爱滋病”整蛊“香蕉”、和日本人谈判到最后决斗“整蛊之霸”，太多经典段落留在观众的记忆中。值得注意的是，这部影片并没有太多的经典对白供粉丝模仿，动脑子的故事桥段设计，是提供观众笑料的主要手段。但这种刻意的设计难免有做作之嫌，显得还是不够成熟，而对于发挥个人演技和个人魅力也不够自由。不过，无论如何《整蛊专家》也是周星驰步入成熟的一部重要的影片，和《赌圣》一样，对
周星驰有着里程碑般重要的地位（
网易评）。
《整蛊专家》是
王晶电影中愚人招数最集中的一部，可谓宝典秘籍，大部分精华都收录在内，其中也出现了不少另类的奇门兵器。如最后正邪双方的大决战中，整蛊之霸使出传说中的“忌廉血滴子”，其实这个武器与武侠电影中锦衣卫使用的没什么两样，不同是在被敌人挡住之后，能喷射出隔夜的忌廉，搞笑多过邪恶；而周星驰一方，则拥有“无敌整蛊箱”这样的组合武器，里面除了又惭愧波板糖、肌肉硬化针、超级万能胶以外，遥控电流蕉只是两根香蕉，却能释放强大电流；霹雳金刚拳和儿童玩具一个样，却能打飞对手百米开外；红粉迫击炮就是传说中的RPG，炮弹威力无比，释放粉红色烟幕，此等武器，功能不在整蛊人，而是雷人（
新浪网评）。