新吉翁号二号机是SUNRISE企划和制作的动画电影作品《机动战士高达NT》中登场的机体，是“带袖的”为弗尔·弗朗特开发的NZ-999新吉翁号的二号机，使用新吉翁号的备用部件组装而成，其性能与一号机完全相同，只是在涂装上没有采用红色涂装，而是采用了灰色涂装。

U.C.0096年拉普拉斯之乱结束后，新吉翁号二号机被地球联邦军捕获，随即被引渡回吉翁共和国。U.C.0097年，吉翁共和国外务大臣莫纳汉·巴哈罗为了捕捉RX-0独角兽高达3号机·菲尼克斯，而将该机交付给契贝级巡洋舰金鬃马号。在SIDE 6学园都市墨提斯的战斗中，佐尔坦·亚卡年擅自驾驶MSN-06S-2新安洲·原石二号机召唤新吉翁号二号机，结果却遭到RX-9／BNT高达B装备的精神感应劫持，短暂遭到NT高达的控制。

之后由于佐尔坦·亚卡年不甘心自己被当做弃子，而驾驶新安洲·原石二号机操控该机在氦-3储藏基地与地球联邦军交战，最终被菲尼克斯击破。