新大雄宝殿是在原寺院方丈悟道和香港黄根祥居士共同发起建造， 于1994年完工，大殿坐北朝南，七开间，进深19.8米，高23.32米。

重檐歇山顶，龙吻正脊，中置宝镜。四面回廊，西坑石围栏。恢宏壮丽，气势不凡，为寺院最大的佛殿。殿内居中供奉三世佛，须弥座高1.9米，佛像坐莲台之上(台高2.2米)，佛身高5米，结跏趺坐，作禅定印，中为释迦牟尼佛，中土娑婆世界教主，救度无数众生；东侧为药师琉璃光如来，东方净土琉璃世界教主；西侧阿弥陀佛，西方极乐世界教主。背面有千手观音立像。两侧张挂观音84“大悲法相”化身图。殿内五副楹联，均出自名家手笔，如程思远，上海明旸法师、乳山姜东舒等。其中一联高10多米，为绍兴市最长的楹联，悟道撰联，鲍贤伦敬书。“大雄宝殿”匾额为赵朴初所书。

大雄宝殿台基高2.1米，阶前广场780平方米。迎面墙上有“支竺遗风”四字，系曾任国务委员、公安部长的王芳所书。“支”指支遁，“竺”指竺潜，均系东晋高僧和当时佛学界的领袖人物，长期隐居剡东（古新昌），传播大乘般若教义。支遁晚年在石城立栖光寺，卒葬石城山中；竺潜在东峁山之东峁寺，隐居三十年，卒于山馆。他们的早期活动使得石城古刹名声远扬，流韵绵长。西侧有“齐相井”，齐相名齐抗，是唐代宰相，出仕前曾隐居于此地读书。此井是建新大雄宝殿奠基挖土时发现的遗址，据考证就是古代“齐相井”。