新疆农业大学水利与土木工程学院是新疆农业大学下设的二级学院。

1952年，水利系成立，同年水利土壤改良专业（后改为农田水利专业）开始招收第一批本科生38人及专修科学生52人。

1953年9月，水利系成立水工、农水、力学3个教研组，并设物理组和数学组（1978年调到基础部）。面对艰难的办学条件，师生们自力更生，创造教学条件，于1955年建成水利楼。当时，师资紧缺，一名教师承担几门课的教学任务，同时还请科学院、水利厅、军区工程处的工程师讲授部分课程，由于教材匮乏，教师们还自编自刻授课教材。水利系每年招一到两个班。

1956年至1966年，水利系设有水工（含水力学、地质）、施工（含水电站、土力学）、农水（含水泵站、水文、地下水）、测量、力学、物理和数学7个教研室。教师从40多人发展到80多人。培养毕业生322人，其中本科221人。1956年参加全国统一招生，招收了内地的应届高中毕业生。农田水利工程专业学制改为五年。

1972年至1976年，水利系共招收了5个班150余人，为培养少数民族建设人才，水利系先后招收了3个少数民族班。

1975年以后，水利系教师对在文革期间遭到严重破坏的各实验室，进行了恢复、改建和扩建。

1977年恢复高考后，农田水利专业（本科）开始了文革后的首次招生。

1978年，水利水电工程建筑专业（本科）开始招生。

1980年，农田水利工程专业开始招收第一批硕士研究生，在校内水利和农机专业首次开设了电子计算机课程。

1984年，成立了水利水电设计研究所。

1985年，水利系率先在院里组建了电子计算机室，成为校内最早应用计算机的单位。

1986年，农田水利工程学科获得硕士学位授予权。

1992年，水利水电工程专业被批准为自治区首批十个重点学科之一。

1993年，水文学及水资源工程硕士点获得批准；同年，学院在成功举办三届农业建筑与环境工程专科班基础上，向国家教委申请农业建筑与环境工程本科专业，获得批准，并于1994年开始招收该专业本科生。

1994年，开办城镇建设专科专业，并向国家教委申报该本科专业，1995年获得批准，1997年开始招收本科生，1998年全国高校专业归并调整后，改为土木工程专业。同年，水利水电工程建筑专业调整为水利水电工程专业，农田水利工程专业调整为农业水利工程专业，农业建筑与环境工程专业调整为农业建筑环境与能源工程专业。

1995年4月21日，学校更名为新疆农业大学，水利系更名为水利与土木工程分院。

1996年，水力学及河流动力学硕士点获得批准。

1997年，农田水利工程硕士点被调整为水利水电工程硕士点。

1998年12月7日，更名为水利与土木工程学院。

2000年，学院获得水利水电工程博士学位授予权。

2001年，学院开始招收博士研究生。

2003年，工程管理（水利水电工程管理方向）、水土保持与荒漠化防治两个本科专业获国家教育部批准，水工结构工程、农业水土工程硕士点获得批准，同年获得水利工程硕士专业学位授予权。

2004年，工程管理专业开始招生。

2005年，水利水电工程专业被批准为自治区优势专业。

2007年，水利工程学科博士后流动站获得教育部批准，水利水电工程专业被列为自治区重点产业紧缺人才专业。

2008年，经自治区批准，水利水电工程专业开始招生，水利水电工程学科被评为国家重点（培育）学科，水利水电工程教学团队获自治区优秀教学团队。

2009年，经自治区批准，土木工程专业开始招生。

2010年，水文与水资源工程本科专业获国家教育部批准并于当年开始招生，工程水文及水利水能规划教学团队获自治区优秀教学团队，水利水电工程专业获批为第六批国家高等学校特色专业建设点。

截至2020年，学院有3个教学系，6个本科专业。

教学系：水电工程管理系、农业水资源管理系、土木工程系

本科专业：水利水电工程、农业水利工程、水文水资源、工程管理、水土保持与荒漠化防治、土木工程

截至2020年，学院有在职教职工99名，专职教师86名，专职教师中：教授12人，副教授30人，讲师38人，初级6人；其他管理人员（含实验员）13人。教师中具有博士学位33人，在读博士学位15人，具有硕士学位49人。学院16名博士生导师，包括中国工程院院士邓铭江教授和马军教授等学者；有2位教师获国务院“特贴专家”和自治区“特贡专家”称号，1位教师入选国家“百千万人才”工程，1位教师获“天山领军人才”称号，有3位老师入选自治区“天山英才”第二层次，有2位老师入选自治区“优青”计划，2名教师入选自治区天山青年计划， 1人获自治区“教学能手”称号；7人获校级教学标兵和教学先进个人称号。

国务院“特殊津贴”专家：马英杰、侍克斌

国家“百千万人才”工程：马英杰

天山领军人才：马英杰

自治区“特殊贡献专家”：马英杰

自治区“天山英才”第二层次：马英杰、杨鹏年等

自治区“优青”计划：牧振伟等

自治区教学名师：邱秀云、姜卉芳

自治区“教学能手”：林丽、牧振伟、陈英杰

截至2020年，学院有博士后科研流动站1个，一级学科博士点1个，二级学科博士点1个，一级学科硕士点1个，二级学科硕士点4个，工程专业学位硕士点1个。

博士后科研流动站：水利工程

一级学科博士点：水利工程

二级学科博士点：农业水利工程

一级学科硕士点：土木工程

二级学科硕士点：水利水电工程、水力学及河流动力学、水文学及水资源、水工结构工程

工程专业学位硕士点：土木水利

截至2020年，学院有国家重点（培育）学科1个，自治区重点学科2个，自治区重点学科（高峰学科）1个。

国家重点（培育）学科：水利水电工程

自治区重点学科：水利水电工程、水文水资源

自治区重点学科（高峰学科）：水利工程

截至2020年，学院有国家一流本科建设专业1个，教育部第一批“本科教学工程”地方高校本科专业综合改革试点项目1个，教育部第一批卓越农林人才培养计划改革试点项目1个，自治区特色品牌专业1个，自治区第二批重点产业紧缺人才专业1个；有三峡建设总公司培训部、水磨沟河管理处、乌鲁木齐河青年渠首管理站、头屯河水库管理站等14个校外实习基地；有新疆天山北坡水资源与水利工程实践教育基地、新疆农业大学呼图壁现代农业高效节水工程实践教育基地等10个校外大学生实践基地。

国家一流本科建设专业：水利水电工程

教育部第一批“本科教学工程”地方高校本科专业综合改革试点项目：水利水电工程

教育部第一批卓越农林人才培养计划改革试点项目：农业水利工程

自治区特色品牌专业：水利水电工程

自治区第二批重点产业紧缺人才专业：农业水利工程

自治区实验教学示范中心：干旱区水利工程实验教学示范中心

自治区精品课程：工程水文学、水力学

2016至2020年，学院教师共申请教研教改项目36项；教师发表教研论文40篇；出版教材9部；获得自治区普通高等学校教学改革研究综合改革项目1项，获得自治区级以上教学竞赛奖11项，校级教学竞赛奖13项；1名教师获得自治区教学能手称号。立项国家大学生创新创业训练计划项目17项，自治区大学生创新创业训练计划项目24项。

截至2020年，学院有新疆水利工程安全与水灾害防治自治区重点实验室、新疆BIM及装配式工程技术自治区研究中心、水利工程与水资源科学国家重点实验室寒旱区新疆分实验室等3个省部级科研平台，并有寒冷干旱区水文水资源与水利工程教育厅重点实验室、新疆水文水资源工程技术研究中心等科研平台。

2016至2020年，学院申报国家、自治区横、纵向科研项目144项，累计到位经费3343万元；累计发表科技论文795篇，其中被SCI、EI收录68篇；出版专著16部；获得省部级科研成果奖7项，其中4项为省部级一等奖，申请专利和软件著作权60项。

据2022年2月学院官网显示，学院曾开展“从抗击疫情看‘四个自信’”主题团日活动、“汇聚青春正能量，齐心协力战‘疫’魔”主题团日活动，举办“三进两联一交友”迎新晚会暨感恩育人表彰大会等活动。