新疆文物考古研究所，成立于1978年，原为新疆社会科学院考古研究所，1984年划归自治区文化厅主管，1986年改为现名。主要担负新疆文物保护和科研工作的事业单位。

内设考古部、文物保护技术部。现有工作人员50余人。在尼雅遗址和营盘古墓群的考古调查中，发掘出土一批珍贵文物，被列为1995年和1997年“全国十大考古新发现”。编辑出版有《新疆考古三十年》、《新疆文物考古新收获》、《新疆古代民族文物》等大型文集。办有《新疆文物》杂志。

所长：李文瑛

2024年11月12日，新疆文物考古研究所把3175件出土文物移交给新疆8个地州市的基层博物馆。