贯彻执行国家和自治区有关水路运输、水上交通安全、船舶和船员管理的法律法规和方针政策，拟订并组织实施自治区相关政策法规和技术规范。
2、拟订自治区水路交通行业发展规划和港（渡）口布局规划，负责水路基础设施建设、维护、管理和水路运输市场管理。
3、负责水上船舶管理、通航管理、船载危险货物监管、船舶防污染管理，以及船舶和水上设施的法定检验工作。
4、负责船员管理，组织开展船员适任技能考试、评估工作。
5、负责全区水上水下工程施工行政许可。
6、负责水上交通安全监管，调查处理重大水上交通事故；组织、指导各地海事机构执法活动。