新疆维吾尔自治区工商行政管理局是自治区人民政府主管市场监督管理和行政执法的综合部门。全系统共有干部职工近万人，县以上工商局122个，其中自治区工商局直属开发区分局（处级）2个，地，州，市工商局21个，县，市（区）工商局（分局）103个，按经济区域设置的工商所389个。为适应
社会主义市场经济的发展，从1999年起，自治区工商系统实行省以下垂直管理。
1979年自治区工商局重新组建以来，特别是自1996年以来，自治区工商局坚持以“弘扬时代精神，塑造工商形象，培养优良作风”为精神文明创建主题，以建设勤政，廉洁，高效，务实的一流文明机关为目标，结合行业特点和机关实际，紧紧围绕“工商形象建设年”和“公平交易执法年”活动，全面加强队伍建设，取得了丰硕的成果，被群众誉为维护经济次序的“卫士”。自治区工商局机关连续七年荣获自治区级文明单位称号，全区县以上工商局中，有60%获自治区级文明单位，30%获地区级文明单位，10%获县级文明单位，全系统实现了创建精神文明单位“满堂红”。在反腐纠风，普法教育，党的建设，依法治理等方面也取得了显著成效，先后受到国务院
纠风办，国家工商局，自治区党委，政府的充分肯定和表彰。