根据中共中央办公厅、国务院办公厅《关于印发新疆维吾尔自治区人民政府机构改革方案的通知》（厅字〔2009〕7号），设立新疆维吾尔自治区民族事务委员会（宗教事务局）（以下简称自治区民族事务委员会，宗教事务局）。自治区民族事务委员会和自治区宗教事务局一个机构两块牌子，为自治区人民政府组成部门。

1949年12月，新疆省人民政府成立时即设立新疆省人民政府民族事务委员会，赛福鼎·艾则孜为新疆省人民政府民族事务委员会主任。1950年6月，中共中央新疆分局设立民族工作部，内设管理民族宗教事务的职能处室。1954年12月，新疆省人民政府设立民族宗教事务处，阿不都热合满·穆义提为中共中央新疆分局统战部副部长兼民族宗教事务处处长。1978年3月，自治区革命委员会批准设立自治区民族宗教事务局，内设办公室、民族处和宗教处。1979年3月，撤销自治区民族宗教事务局，设立自治区民族事务委员会，内设办公室、民族一处、民族二处、宗教处。1980年6月，自治区成立新疆维吾尔自治区宗教事务局，与自治区民族事务委员会合署办公。1984年12月，自治区宗教事务局与自治区民族事务委员会分设。1995年，自治区民族事务委员会与自治区宗教事务局合并，成立自治区民族宗教事务委员会。2000年，根据中共中央办公厅、国务院办公厅《关于印发新疆维吾尔自治区人民政府机构改革方案的通知》，成立新疆维吾尔自治区民族事务委员会（宗教事务局）（简称自治区民委（宗教局）），一个机构两块牌子，为自治区人民政府组成部门。

（二）负责协调推动有关部门履行民族工作相关职责，促进民族政策在经济发展和社会事业有关领域的实施、衔接，对地（州、市）、县（市、区）政府民族工作进行业务指导；监督实施和完善民族区域自治制度建设，监督办理少数民族权益保障事宜。

（三）研究提出协调民族关系的原则和方法，协调处理民族关系中的重要事项，参与协调维护社会稳定工作，促进各民族共同团结奋斗、共同繁荣发展，维护国家统一；承办自治区民族团结进步表彰活动。

（四）参与拟订自治区经济社会相关领域的发展规划，协调有关部门执行中央对民族地区经济发展的特殊政策和措施；负责民族事务服务体系和民族事务管理信息化建设工作；参与协调科技发展、对口支援和经济技术协作等有关工作；负责自治区清真食品有关监督管理工作。

（五）指导少数民族古籍的搜集、整理、出版工作；参与拟订少数民族人才队伍建设规划，联系少数民族干部，协助有关部门做好少数民族干部的培养、教育和使用工作。

（六）依法履行宗教事务管理职责，依法保护公民宗教信仰自由和正常的宗教活动，维护宗教界合法权益，促进宗教关系和谐。

（七）组织实施国家的宗教法律、法规和政策；引导、促进宗教在法律、法规和政策范围内活动；负责宗教事务管理方面的行政复议等法律事务。

（八）指导宗教团体依法依章开展活动，支持宗教团体加强自身建设，推动宗教团体在宗教界开展爱国主义、社会主义、维护祖国统一和民族团结的自我教育，办理宗教团体需由政府解决或协调的有关事务；帮助宗教团体培养、教育宗教教职人员、办好宗教院校。

（九）指导地（州、市）、县（市、区）人民政府宗教事务部门依法履行管理职能，协助地（州、市）、县（市、区）人民政府处理宗教方面的重要问题，防范利用宗教进行的非法、违法活动，抵御境外利用宗教进行的渗透活动。

（十）负责民族宗教方面的外事活动，指导宗教界开展同外国和港澳台地区宗教界的友好往来，参与涉及宗教对外宣传工作；负责自治区朝觐管理工作。

（十一）承办自治区人民政府交办的其他事项。

根据上述职责，自治区民族事务委员会（宗教事务局）设10个内设机构。

（一）办公室

负责机关日常工作的协调和督办;负责机关文秘、信息、档案、信访、保密等工作;负责组织和承担民族自治地方重大庆典活动和少数民族重要学习、参观、考察等有关事宜；负责机关财务与国有资产管理。

（二）政策法规处（民族团结进步模范创建活动办公室）

研究草拟自治区有关民族、宗教事务管理的政策和地方性法规；承办民族识别、民族成份管理和民族团结进步表彰有关事宜；研究提出协调民族关系的工作建议；研究民族关系重大事宜；承担行政复议和行政应诉工作。

（三）监督检查处（清真食品管理处）

承担民族宗教法律法规和民族宗教政策的督促检查工作；承担协调、指导民族区域自治法贯彻落实的具体工作；研究涉及民族宗教方面突发事件的预警、应急机制问题，承担有关协调处理工作；研究提出协调民族关系的工作建议；推进民族事务服务体系和民族事务管理信息化建设；监督和协调处理有关保障少数民族合法权益事宜；负责全区清真食品管理的有关工作。

（四）经济发展处

协调落实国家关于促进少数民族和民族地区经济发展的特殊政策、专项规划；参与制定自治区发展少数民族经济的政策、规划；监督检查规划及项目实施情况；承担参与协调扶贫、对口支援、经济技术合作及引进外资工作;负责有关少数民族和民族地区国际合作项目工作;负责少数民族发展资金项目和民族工作经费的管理工作；负责少数民族经济和社会发展的统计分析和综合评价监测体系的有关工作。

（五）文教宣传处

参与研究制定发展自治区少数民族教育、文化、卫生、科技、体育、新闻出版等方面的特殊政策和规划，协调或配合有关部门处理具体事宜；承办重大民族文化、体育活动的具体事务；会同有关部门做好少数民族新闻出版物审读工作；会同有关部门做好民族、宗教的对外宣传工作；参与协调配合有关部门做好少数民族教育方面的工作；组织开展民族宗教法律、法规和政策的宣传教育工作，并监督检查贯彻执行情况。

（六）宗教一处

贯彻落实党的宗教政策、法规，维护伊斯兰教界的合法权益；提出并制定涉及伊斯兰教事务的政策性意见、法规草案；依法依章管理伊斯兰教事务，制止非法宗教活动；研究伊斯兰教管理中出现的新情况、新问题；处理伊斯兰教方面引起的突发事件和来信来访，办理人大、政协提案；参与伊斯兰教方面外事活动；协助审批、审读涉及伊斯兰教内容的各类出版物。

（七）宗教二处

负责佛教、基督教、天主教、东正教、道教等方面的工作，对有关各教方面的问题进行调查研究并提出办理各教事务方面的具体意见；调查研究有关各教的历史、现状、特点和发展趋势，提出实施依法管理的政策性意见；负责指导各教团体依法依章开展工作；调查研究各教活动中的新情况、新问题；协助指导基层解决好各教出现的问题，依法加强对各教的管理，做好反渗透工作；负责处理各教的来信来访及信息工作。

（八）宗教三处

协助自治区和各地州爱国人士培训工作；负责提出各宗教教职人员的培养、选拔意见；指导宗教院校（经文学校、经文班、点）的教学、管理工作；协助各类宗教院校做好招生、培养、实习及毕业生安置工作；负责选派各类宗教院校毕业生出国留学工作；负责选派在职中青年宗教教职人员赴国内外进修工作。

（九）朝觐管理办公室

负责我区有组织朝觐工作的组织与实施；建立完善我区有组织朝觐工作的各项规章制度；会同各地、各相关部门认真落实对朝觐人员的行前分级培训教育工作；实施朝觐团国内外组织管理及后勤保障等服务工作；贯彻落实中央和自治区关于制止零散朝觐工作的相关法规和政策；组织协调各地、各部门开展有组织、有计划朝觐的政策宣传，加强调研督查工作，研究制止零散朝觐工作面临的新情况、新问题。

（十）人事处

参与少数民族人才队伍建设规划的拟订和实施工作；承担联系少数民族干部的具体工作，配合有关部门承办少数民族干部培养教育、选拔推荐工作；负责机关和直属单位人事管理及机构编制工作；负责协调办理有关涉外事务。

机关党委负责机关及直属单位的党群工作。

监察室(与纪检组合署办公)负责机关及直属单位纪律检查和行政监察工作。

离退休干部工作处负责机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作。

自治区民族事务委员会（宗教事务局）机关行政编制为97名（含纪检监察）。其中：厅级领导职数7名（含纪检组长），处级领导职数30名（含机关党委专职副书记1名、监察室主任1名、离退休干部工作处领导职数1名）。

自治区党委统战部副部长（兼）、自治区民族事务委员会党组书记、副主任：魏建国

党组副书记、主任：马合木提·吾卜卡斯木

党组副书记、副主任（副局长）：李江

党组成员、副主任（援疆）：李焕才

党组成员、副主任：马旭东