新药研究国家重点实验室（中国科学院上海药物研究所）是依托中国科学院上海药物研究所组建的科研机构。实验室建于1990 年，现有工作人员21 名，其中管理人员1 名，主要仪器设备 118 台（套），占地面积 平方米，其中试验场地 1800 平方米。新药研究国家重点实验室是利用世行贷款建设的实验室，在2001年国家评估中被评为优秀实验室。

实验室从事新药基础研究：在中草药和天然产物中研究发现先导化合物，开展相关的理论研究，并依靠上海药物所的支撑，把先导化合物开发成新药。1.天然产物化学及中药现代化；2.药理学及药物筛选；3.体外毒理学；4.计算机辅助药物分子设计。

现有研究员16名（包括院士3名），设备投资近3,000万元，总体装备水平处于国内领先地位，重点领域设备达到国际先进水平。研制成功的新药有 sobuzoxane（抗癌药）、石杉碱甲（治疗老年痴呆症药）和a-羟基-VD3（治疗骨质疏松症药）。

近5年主持或承担国家及省部委科研项目78项，国内外合作课题39项，总经费9527万元；发表论文361篇，编写专著16本；获得国家及省部委奖21项。实验室坚持“开放、流动、联合、竞争”方针，和国内外科研机构、高等院校、制药企业保持密切协作关系。

1. Sobuzoxane，抗癌新药，对恶性淋巴肉瘤和成人T细胞白血病有效，曾获得欧美16国的发明专利，通过国际合作于1994年在日本上市，列入全世界当年上市的48种新化学结构药物，1992年获中科院自然科学一等奖。

2. 石杉碱甲（双益平），治疗老年痴呆症新药，1996年获新药证书，1999年获中科院自然科学一等奖，2000年获国家自然科学二等奖。

3. a-羟基-VD3，治疗骨质疏松症新药，1996年获新药证书。

2021年12月，中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室被全国科技系统抗击新冠肺炎疫情表彰工作领导小组办公室拟表彰为“ 全国科技系统抗击新冠肺炎疫情先进集体”。