（1）
明代军队实行
卫所编制，每
百户所统兵112人，编为两个
总旗，每个总旗分编为5个小旗。明代次
戚继光创制步、骑兵编制单位，在基层编制中有局、旗、队三级，每局辖三旗，每旗统兵36人，编成三队，每队兵或骑兵12人。
（2）清代初期，实行军政合一的
八旗制度，以不同颜色的旗来区分军队。
八旗指：
正黄旗、
镶黄旗、
正白旗、正蓝旗、
镶白旗、
正红旗、
镶红旗、
镶蓝旗。旗本为满语“固山”的汉名，是清朝八旗兵的最大编制单位，区分有
满洲八旗、
蒙古八旗和
汉军八旗。
（3）清朝
太平天国、
捻军起义时，均曾以旗作为编制单位。太平天国翼王
石达开率太平军远征后，新改军队单位名称有旗，如后旗、右一旗等；捻军曾将军队按总旗、大旗和小旗三级编制，各级并无固定员额。