无意识推理时德国生理学家赫尔姆霍茨于1855年提出的概念。根据有限数量的证据或资料，在不自觉状态下作出的判断。根据以往的经验将知觉中无法直接经验到的刺激附加在知觉上的过程。因这种过程是
无意识的，由归纳得来，故得此称。如关于物体的深度知觉和距离知觉。
无意识推理主要用以说明空间知觉形成的原理。比如，一个灰色刺激呈现于红色背景上，它便与红色形成对比，人们会因无意识推理而把它看成相反的颜色，即绿色。亥姆霍兹认为这些推理原来是意识的，后因联想和反复演习而转化为无意识的推理。无意识推理由经验得来，也可由经验除去。
赫尔姆霍茨认为，这种知觉中的推理本来是有意识的，只因多次重复和联想的作用才逐渐变成无意识的。故无意识推理可由经验得来，也可由经验去除，如错觉就可用学习来纠正。这一概念后被德国心理学家冯特用于解释知觉的形成，并得到巴洛夫条件反射理论的解释。
在近代心理学中，第一次把无意识问题作为一项基础研究的是19世纪早期联想主义心理学家J.F.赫尔巴特。他把莱布尼茨的无意识观念发展成为意识阈限的概念。阈限下的那些观念是无意识的。他认为，当一个观念上升到可以觉察的意识水平时，就是莱布尼茨所说的被统觉了。他还认为，为了使一个观念上升到意识，它必须与现存于意识中的其他观念相适应、相一致。那些不一致的观念不能在意识中同时存在，而那些不相干的观念则被排斥在意识之外而变为被抑制的观念。被抑制的观念类似于莱布尼茨的微觉，存在于意识阈限之下。但它并没有在人的心理中完全消失，而只是暂时脱离了心理的核心部分-意识领域，下降到无意领域。只要条件成熟，例如受到新的感觉印象的刺激或结合便有可能重新上升到意识中来。
心理物理学创始人G.T.费希纳也对无意识的思想的发展做出了贡献。他也使用阈限概念，但他认为，心理类似于冰山，它的相当大的一部分藏在水面以下，在这里有一些观察不到的力量对它发生作用。这些想法后来对S.弗洛伊德有很大影响。他还唯物地解释了莱布尼茨的微觉学说：你听不到一条毛虫在菩提树下蚕食叶子的声音，但是你可以清楚地听到几千条毛虫一同吃叶子的声音。
另一些研究领域的代表人物有H.von赫尔姆霍茨、И.Μ.谢切诺夫和И.Π.巴甫洛夫。赫尔姆霍茨在对感觉器官的心理生理研究中曾发现，在感知觉范围内存在一种没有思维参与的概括过程，为解释这种过程而提出“无意识推理”的概念。巴甫洛夫根据对脑的研究则提出了对无意识心理现象的生理学解释。他认为，在具有最适宜兴奋的大脑半球部位上容易形成新的条件反射并能顺利地进行分化。因此可以说，这一部位此刻是大脑半球的创造性部位，其他部位（即具有低兴奋的部位）这时就没有这种能力，它们的功能充其量是进行以前形成的反射，这种反射是在相应刺激存在时自动产生的，我们主观上把它们称作无意识的、自动化的活动。