日本海军军令部是日本帝国主义的海军军事最高指挥机关。

1884年自日本海军省内分离后成立。其首长称日本海军军令部总长，原拟仿效陆军1873年6月19日由日本陆军省分出成立日本陆军参谋本部的做法，成立海军参谋本部，从而与陆军的指挥机关平行，但陆军首领认为：只有指挥国家的主要军种——即陆军的指挥机关，才能称为参谋本部，而海军则是专业部队，其最高指挥机关，只能称为军令部。因此日本海军的最高军事指挥机关自此称为海军军令部，海军军令部负责海军战略、战役计划拟定，舰队的调动作战指挥，军令部总长接受陆海军大元帅天皇的领导，辅佐天皇指挥海军，在有关军政方针等方面的问题，接受海军大臣的指导。