该厅组成为：长官办公厅为机构行政机构；业务部门有计划协调局（企划调整局）、环境保护部、自然保护局、大气保全局、水质保全局，计4局1部。附属机构有：国立公害研究所、国立
水俣病研究中心、公害研修所、中央公害对策审议会、自然环境保全审议会等。计划协调局负责环境保护基本政策的筹划、推动立案、协调各省厅的环境保护事务、提出预算、环境影响排事务等。环境保健部负责公害损害健康的原因研究及损害补偿事务。自然保护局负责自然保护基本对策的筹划、推动立案，自然保护的基础调查、指定国立公园、国定公园，自然公园的维护管理、温泉、鸟兽的保护等。大气保全局负责大气污染、恶臭、噪声等基准的设定及管制。交通公害防止对策等的事务。水质保全局负责与水质污浊有关的基准、水质管理，废弃物处分基准的设定、农田土壤防止及地面下沉防止等。