日本道教是指传说秦始皇派方士徐福东海寻仙时，徐福便到了日本成为第一代天皇。

在镰仓时代（1185—1333年）、室町时代（1338－1573年）以至江户时代（1603—1867年），《太上感应篇》等道教善书很早就传入了日本，这些善书经过注释、翻译、刊刻印行，使得以功过寿算、善恶感应为神学外衣的道教劝善思想在当时社会各阶层非常盛行，影响颇深。许多著名的学者都接受了道教思想，如日本阳明学鼻祖中江藤树就亲自供奉太乙神，他写有《太上天尊太乙神经序》，还著有《灵符疑解》《阴骘文》等有关道教的书，他的心学受到善书的影响。他的弟子们在其影响下也学习道教。

上世纪80年代开始，日本的道教团体开始与中国道教界开展密切的联系。在日的华人华侨修建了很多关帝庙、天后宫，日本人也建设了一些道观，著名的宫观有日本道观。1980年，早岛天来大师为了致力于普及道家思想以及导引术，在福岛县的磐市创立了日本道观，在日本全国一共有11所道学院。

19世纪末日本学者开始对道教文化研究发生兴趣。1950年，日本道教学会成立，并创办了《东方宗教杂志》。近年来，日本学者到中国进行道教考察、进修、学术交流的人逐年增多，中日道教学者的互访交流方兴未艾。

道教神学对日本天皇信仰产生了重大的影响；将剑和镜两件神器作为天皇地位的象征，来自于道教大师陶弘景的《古今刀剑录》；日本皇室尊崇紫色，源自于道教“紫气东来”的观念；天皇宣称祖先是天神降临，受道教神话的影响；祈愿天皇长寿的祝文，来自于道教祝文；天皇在宫廷的四方拜礼仪，原封不动地引用了道教礼仪。

日本本土的神道教也深受道教影响，“神道”一词便出自于《易经》。神道教诸多派别中的修验道派是融合密教、神道、民族的宗教观念，以道教为中心的中国信仰和习俗而形成的宗教，宗旨是入山修行得道成仙。修验道的许多方术如辟谷法、调息法、炼丹术、入火不烧等以及他们施行的祝咒、占卜、祈禳、预言、驱邪、掐诀、定方位、看风水等，都与道教方术有着密切的关系。另外阴阳道、吉田神道也深受道教的影响，阴阳师就是日本的方士。

日本的很多民间信仰和风俗习惯是源自于中国道教的，或深受道教的影响。日本的三尸虫信仰和守庚申的习俗便是来自于道教；日本民间信仰的泰山府君、妈祖、灶神、钟馗、关帝便来自于道教；日本端午节、七夕节的很多习俗便来自于道教。