该书八卷，每卷一类(诸水、五谷、五畜、诸禽、虫鱼、五果、五菜、五味)。其中的“诸水类”、“五味类”是该书的首创，对此后卢和《食物本草》、李时珍《本草纲目》的分类有直接影响。在每一味饮食物下，一般简要介绍别名、种类、形态、采集、制作法，然后列述其性味、良毒、配伍禁忌及主治功能。
虽然和中国许多本草书一样，其中包含了大量的前人本草书中的内容，但其价值主要体现在吴瑞自己增加的许多新内容。李时珍对此书是比较重视的，从中摘取了很多吴瑞最早记载的食物知识。李时珍认为属于吴瑞首次在本草书中单独立条的食物药有7种：豆腐、香蕈、天花蕈、石耳、银杏、西瓜、山羊。这都是当今饮食谱中常食之品。但李时珍还是漏载了其中的几种新增之物。例如“琼芝”，也就是现在所说的石花菜(一种海藻)。还有著名的“红曲”，既是食物防腐剂，又是良好的健脾消食、
活血化瘀药。过去以为最早见于
朱丹溪《
本草衍义补遗》，但从《日用本草》成书年(公元1329年)看来，当以吴瑞记载略早。
吴瑞除收载本草没有的新食物药之外，还补充了许多旧有药物的别名、品种、制作法、功效、用法、禁忌等。其中最精彩的是水产品、海产品，以及南方民间的一些山珍之物。这与作者生活于近海的浙江海宁、了解江浙一带的土产有很大的关系。虽然《日用本草》曾经李时珍引录，但经比较后得知，李时珍并未能最大限度地摘引该书中的新内容，同时其引文也经常与原文小有出入。因此，从《本草纲目》只能了解部分《日用本草》的内容，例如吴瑞在“甘露子”下引了一首歌，十分生动：“不食柘叶不食桑，何须走入地中藏。不能作茧不上蔟，如何也蒙赐汤沐？呼我果，谓之果；呼我蔬，谓之蔬。唐林、晁错莫逢他，高阳酒徒咀尔不摇牙”。但李时珍却只引了吴瑞首次记载的“地蚕”别名，忽略了这首生动的民歌，殊为可惜。
现在国内多藏、且已影印出版的是题为元·吴瑞编辑、明末钱允治校注的《日用本草》。但奇怪的是，李时珍引用该书的内容和钱允治本并不一样。究竟谁真谁假？以往很难判断。然而待到从
日本龙谷大学复制回国《日用本草》明嘉靖四年(公元1525年)刊本，则真伪立见：原来这才是国内失传的真本。通过考证发现，明末钱允治编定的《日用本草》，不过是改编明代宁源《食鉴本草》的冒名之书。现回归的《日用本草》保存有该书的序跋，综合其序跋，可以对《日用本草》的编辑及重刊有完整的了解。
从日本复制回归《日用本草》原书，可以见其原貌，拾其遗珠，全面认识吴瑞对我国饮食疗法的贡献，同时可以纠正《本草纲目》的某些引用错误。目前该书已有校点本(见《海外回归中医善本古籍丛书》第9册)。另《
中国本草全书》也收录了该书的影印本。