“日美地位协定”是确定驻日美军及军属在日法律地位的外交协定，于1960年日美修改安保条约时成立。它在确定驻日美军、军属有尊重日本法律义务的同时，又规定他们在护照、签证、旅日外国人登录、管理手续等方面不受日本法律约束。并允许美军享有一定特权，如美军驾驶证在日本适用、美军船舶和飞机进出日本港口设施免交使用费等等。其中第17条还特别规定美军军人及军属在引发刑事案件时“在检查当局起诉之后”方可交出嫌疑犯。

1952年2月28日，日美两国签订《日美行政协定》，同年4月28日，行政协定生效。行政协定为驻日美军继续维持“占领军”特权提供了更为具体的条约保障。例如，第十七条第2款规定：“直至关于军队地位的北大西洋条约国间协定生效期间，合众国的军事法庭及当局有对美军及其相关人员在日本国内所犯一切罪行的专属审判权。”

1953年，美国与北大西洋条约国间协定生效后，日美两国修改行政协定的部分内容，使其看上去更“平等”，然而双方又以“密约”形式基本保留了原协定中规定的美军特权。

20世纪50年代，以砂川事件为代表，日本本土的反美与反基地斗争逐步激化，使驻日美军的军事活动遭遇困境。为此，美国政府开始与日本就修改条约举行谈判。

1960年，日美签署新安保条约，明确美国对日本的防卫任务，去掉了饱受争议的“内乱条款”，并且规定条约的期限为十年。根据旧安保条约第一条，驻日美军可在日本政府的请求下镇压日本国内的大规模骚乱，这一“内乱条款”被日本民众视作美军对日本内政的干涉而遭批判。

1960年，“日美行政协定”被更名为“日美地位协定”，美方仍旧确保了驻日美军的特权，并使美军基地的使用权进一步固定化、明确化。

2016年7月5日，日美两国政府联合宣布，双方就修改日美地位协定中有关美方享有优先审判权的“美军工作人员”范围达成共识，将通过明确4类获日美地位协定保护的“美军工作人员”的定义，事实上缩小了适用对象，从而扩大日本对相关犯罪行为执行司法审判的范围，以顾及冲绳当地民众的感受。

2022年1月15日，驻日美军新冠病例破5000，日媒痛批《日美地位协定》不平等。

据央视新闻，据日本广播协会电视台当地时间2022年5月10日报道，冲绳县知事玉城丹尼当天与日本首相岸田文雄举行会谈。玉城丹尼会后将一份新版“建议书”交给岸田文雄，要求日本政府取消将美军普天间基地在冲绳县内搬迁的计划，并彻底修改《日美地位协定》。此前，冲绳县方面多次要求将美军基地彻底搬出冲绳。

多年来，美军基地因噪音扰民、飞行器安全问题频遭诟病。美军士兵在冲绳犯下的强奸、施暴等罪行同样屡见不鲜。但受日美地位协定的庇护，驻日美军享有优先司法管辖权，美军犯罪后大多能躲过日本的法律追究。冲绳县一直强烈要求彻底修改《日美地位协定》。

2022年5月15日，日本冲绳大批民众举行抗议集会，要求削减冲绳美军基地规模甚至将美军基地全部撤出，同时彻底修改《日美地位协定》。

2009年8月26日，日本民主党基本决定，若在众院选举中胜出成功夺取政权，将向美国提出修改《日美地位协定》，增加“环境条款”，主要内容包括：（1）若美军基地内环境遭污染或破坏，日本中央和地方政府有权进入调查（2）美军有义务使其恢复原状。

2024年11月16日，在日本经济研究中心和日本国际问题研究所在东京举行的第十一届“富士山会议”讨论中，小野寺提议，修改承认驻日美军法律特权的《日美地位协定》。