1911年，日野原重明出生于日本西部山口县。父亲是一名基督教牧师，曾赴纽约
协和神学院（Union Theological Seminary in the City of New York）留学，因此影响了他，在7岁那年也受洗为教徒。
1932年获教会资助，考入
京都大学医学部就读，就读期间因罹患结核病，曾一度休学静养，也因此让他在兵役体检中仅取得丙等资格，免去赴前线的恐惧，战争结束前夕曾短暂被徵招为海军医官，却又因生病而被迫除役。
日野原重明医师是皇室家庭医师，将健检带入日本，是日本提倡预防医学的第一人，曾以20多年的时间，扭转过去被日本人视为“成人病”的糖尿病、高血压，成为“生活习惯病”，提醒日人应注重自身与家人生活习惯，预防可能发生状况。