中国科学院昆明植物研究所是中国科学院下设研究单位。

1937年5月20日，时任北平静生生物调查所所长胡先骕致函时任云南省教育厅厅长龚自知，提出与云南省教育厅合作在昆明创设一植物研究机构的构想。

1938年春，胡先骕派蔡希陶到云南，筹办云南农林植物研究所；7月24日，云南省教育厅和北平静生所正式签订合办云南农林植物研究所合同，云南农林植物研究所正式成立。

1940年7月27日，云南省经济委员会正式参与合办云南农林植物研究所，与云南省教育厅、静生生物所正式签订契约。

1950年2月，云南农林植物研究所由人民解放军代表接收；4月，中国科学院植物分类研究所接管云南农林植物研究所，改名为中国科学院植物分类研究所昆明工作站。

1953年2月9日，中国科学院植物分类研究所昆明工作站改名为中国科学院植物研究所昆明工作站。

1956年，开始筹建“昆明植物研究所”，并开始为建“西双版纳热带植物园”作选址调查。

1959年4月23日，中华人民共和国国家科学技术委员会批准在中国科学院植物研究所昆明工作站的基础上建立中国科学院昆明植物研究所。

1962年6月25日，中国科学院昆明植物研究所更名为中国科学院植物研究所昆明分所。

1970年3月，中国科学院植物研究所昆明分所与所属热带植物园同时下放云南省，中国科学院植物研究所昆明分所更名为云南植物研究所，由云南省科委领导；热带植物园更名为云南热带植物研究所，由云南省科委、西双版纳傣族自治州双重领导。

1978年3月1日，经中华人民共和国国务院批准，云南植物研究所更名为中国科学院昆明植物研究所，云南省热带植物研究所更名为中国科学院云南热带植物研究所，划归中国科学院领导，为地师级单位。

1986年12月15日，中国科学院决定调整云南三个生物学研究机构，原中国科学院云南热带植物研究所除实验生态研究室外，其余部分与中国科学院昆明植物研究所合并，实验生态研究室与分院生态研究室合组昆明生态研究所。合并后的中国科学院昆明植物研究所的建制为四室两园一组一厂，即植物分类和植物地理研究室、植物化学研究室、植物生理研究室和民族植物学研究室；西双版纳热带植物园和昆明植物园；木材和植物解剖研究组和中试工厂。

1996年10月，西双版纳热带植物园从中国科学院昆明植物研究所分出，和昆明生态研究所合并，组建新的西双版纳热带植物园。

2001年10月16日，“植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室”获中华人民共和国科技部批准并正式启动。

2002年6月，中国科学院青藏高原研究所由拉萨分部、北京分部和昆明分部组成（一所三部），昆明分部挂靠中国科学院昆明植物研究所，科研活动和科研成果纳入中国科学院昆明植物研究所管理。  

截至2024年5月，中国科学院昆明植物研究所有在册职工587人（岗位聘用362人、项目聘用225人），中国科学院院士3人，高级专业技术职称人员217人，研究生指导教师145人。

中国科学院院士（专职）：孙汉董、郝小江、孙航

国家杰出青年科学基金获得者：普诺·白玛丹增

国家优秀青年科学基金获得者：邓涛、肖国志

云南省“云岭学者”：杨玉荣、吴建强、胡金勇

2024年，中国科学院昆明植物研究所获批1个国家陆地生态系统定位观测研究站，2个国家生态质量综合监测站；截至2024年5月，有1个国家重点实验室，1个国家重大科技基础设施，1个国家科技资源共享服务平台，1个国家级野外台站，3个中国科学院重点实验，5个云南省重点实验室，1个云南省国家地方联合工程实验室，1个云南省工程研究中心，1个院级野外台站，5个省级野外台站。

截至2024年10月，中国科学院昆明植物研究所建有公共技术服务中心、科技信息中心和丽江生态系统定位研究站等科研支撑体系，其中公共技术服务中心拥有众多大型仪器设备，如800兆、600兆、500兆和400兆超导核磁共振仪、高分辨质谱仪、X射线晶体衍射仪、电子扫描显微镜、SOLEX基因组分析系统、生物芯片扫描仪、激光共聚焦显微镜等。

截至2024年10月，中国科学院昆明植物研究所标本馆收藏植物标本160余万份，种质资源库保存野生植物种子11305种90738份（达中国有花植物物种总数的三分之一），植物化学国家重点室保存单体化合物11546个，图书馆藏书27万册。

2022年4月18日，中国科学院昆明植物研究所与怒江傈僳族自治州人民政府在泸水市举行工作座谈会，双方签订科技合作协议。

2024年7月29日，时任香港中文大学校长段崇智一行访问中国科学院昆明植物研究所，双方围绕未来研究热点、未来合作事宜等展开深入的探讨与交流，达成了多项共识。

2024年12月20日，中国科学院昆明植物所与清迈大学签订合作备忘录，将围绕生物多样性保护与生物资源利用、植物化学与真菌学等方面，开展人员交流、研究生培训、学术会议组织策划、联合项目研究等形式的合作。

2023年，中国科学院昆明植物所举办了2023腾冲科学家论坛·生物多样性与现代农业发展论坛、第三届山地未来国际会议、首届泛第三极地区植物多样性保护国际前沿学术研讨会、第八届全国种子科学与技术学术研讨会等学术会议。

2024年，中国科学院昆明植物所举办了第二届泛第三极地区植物多样性研究国际学术研讨会、2024腾冲科学家论坛·生物多样性与现代农业论坛等学术会议。

2023年，中国科学院昆明植物所获各类科技奖励10项，含省部级科技奖励6项、社会科技奖励4项；以第一完成单位获云南省自然科学一等奖1项，获云南省技术发明一等奖1项，获云南省自然科学二等奖1项；新增各类科技项目104项，总合同经费1亿余元，新增科技基础资源调查专项—课题1项、国家杰出青年科学基金项目1项、国家优秀青年科学基金2项、区域创新发展联合基金重点支持项目3项、云南省重大科技专项—高原特色现代农业产业项目1项；共发表SCI论文682篇，第一单位或通讯作者单位发表442篇；获国家发明专利授权18项，登记注册新品种2个。

2024年，中国科学院昆明植物所获2项云南省自然科学一等奖；以第一或通讯作者在本领域期刊（IF>10）发表论文29篇。

截至2024年5月，中国科学院昆明植物研究所主办《Plant Diversity（植物多样性）》《Natural Products and Bioprospecting（应用天然产物）》《Fungal Diversity（真菌多样性）》3个英文学术期刊。

截至2024年3月，中国科学院昆明植物研究所有2个博士后科研流动站；截至2024年5月，有2个一级学科博士学位授权点，4个二级学科博士学位授权点，2个一级学科硕士学位授权点，4个二级学科硕士学位授权点，2个专业硕士学位授权类别。截至2024年7月，5个学科领域进入ESI全球前1%，1个学科进入全球前1‰。

博士后科研流动站：生物学、药学

2024年，中国科学院昆明植物研究所学生获中国科学院院长优秀奖学金3人、国家奖学金14人、地奥奖学金3人、朱李月华优秀博士奖8人，128人获校优秀表彰；截至2024年5月，中国科学院昆明植物研究所有在读研究生676人，其中博士研究生261人，含留学生18人；硕士研究生415人，含留学生11人。

所徽外形呈圆环形，圆的外圈为研究所的中英文，内圈为植物造型，一方面表现出研究所的主要研究对象为植物，另一方面表现出该所尊重自然，与自然和谐相处的理念；外圈为绿色，内圈为绿色，生动将植物的颜色搭配，突出其对植物的关注；内圈植物下的数字1938，表现出该所的成立时间为1938年。

昆明植物所以“原本山川 极命草木”为所训，旨在认识植物、利用植物、造福于民。