历史沿革
根据自治区党委办公厅、自治区人民政府办公厅《关于印发昌吉州回族自治州人民政府机构改革方案的通知》（新党厅字〔2011〕51号）和自治州党委、自治州人民政府《关于自治州人民政府机构设置的通知》（昌州党发〔2011〕47号），设立昌吉回族自治州水利局（以下简称自治州水利局），是自治州人民政府负责水行政工作的工作部门。
职责调整
（一）下放的职责
1、权限内在江河、湖泊上建设防洪工程和其他水工程、水电站等符合防洪规划要求的审查。
2、在洪泛区、蓄滞洪区内建设非防洪建设项目洪水影响评价报告的审批。
3、权限内对河道岸线的建设项目的审查。
4、权限内占用农业灌溉水源、灌排工程设施的审批。
5、蓄滞洪区避洪设施建设审批。
6、权限内核发捕捞许可证。
7、权限内新建、改建、扩大入河、入湖排污口的审查。
8、权限内在河道内采砂、取土、淘金、弃置砂石或者淤泥，爆破、钻探、挖筑鱼塘，在河滩地堆放物料、修建厂房或者其他建筑物，在河滩开采地下资源、进行考古挖掘等活动的审批。
9、权限内在堤防上新建涵闸、泵站和埋设的穿堤管道、缆线等建筑物及设施的验收。
10、生产水产鱼苗的审批。
（二）加强的职责
1、加强水资源统一管理，加强水资源节约、保护和合理配置，保障城乡供水安全，促进水资源可持续利用。
2、加强防汛抗旱工作，强化预案体系和应急机制建设，减轻水旱灾害损失。
3、加强水能资源管理。按照国家、自治区和自治州水资源战略规划，加强水能资源调查评价、开发规划和配置方面的工作，实现水资源的可持续开发利用，保护河流生态环境。
主要职责
（一）负责保障水资源的合理开发利用。贯彻执行国家、自治区有关水法律、法规、规章，并组织实施和监督检查;拟订自治州水利发展政策措施、发展战略和中长期规划，负责编制开发、利用、节约、保护、管理水资源和防治水害的流域规划和区域规划，并依法监督实施。
（二）负责生活、生产经营和生态环境用水的统筹兼顾和保障。统一监督管理自治州水资源（含空中水、地表水、地下水、客水），组织拟订自治州水中长期供求规划、水量调配方案，对自治州年度用水实行总量控制并监督实施；组织有关自治州国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目的水资源和防洪论证工作；组织实施
取水许可制度和水资源费征收制度；发布自治州水资源公报。
（三）负责水资源保护工作。组织拟订自治州
水资源保护规划，组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；负责城乡规划区地下水资源的管理保护；负责组织实施水资源动态监测工作。监测河库水量、水质，监测地下水水位、水质、水温并定期向社会公布。
（四）负责节约用水工作。拟订自治州节约用水政策，编制节约用水规划，制定有关标准，建立和完善节水制度，负责城乡规划区地下水资源的管理保护，监督指导城乡采水和管网输水、用户用水中的节约用水工作；组织、指导和监督节约用水工作。
（五）负责自治州防洪抗旱减灾工作。承担自治州防汛抗旱总指挥部的日常工作，负责组织、协调、监督、指导自治州防洪抗旱工作，对城市、重要河道、中型水库等重要水利工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度。指导水利
突发公共事件的应急管理工作。
（六）负责全州水利设施、水域及其岸线的管理与保护；负责自治州内主要河流、水库的综合治理及开发利用工作。
（七）指导水利工程建设与运行管理。组织具有控制性或跨流域、跨区域的重要水利工程的建设与运行管理；组织建设和管理自治州重点水利项目；监督指导水利行业安全生产工作，指导水利工程的安全监管，组织、指导水库、水电站大坝的安全监管。负责指导水利建设市场的监督管理。
（八）负责自治州水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施规划，组织实施水土流失的监测和综合防治。
（九）主管全州农田水利基本建设工作。管理农牧区水利、农村水电电气化、乡镇供水、人畜饮水、节水灌溉、城市供水水源建设和水环境保护等工作;负责引进和推广水利、水电、水产科学技术；负责水利信息化工作。
（十）负责自治州水政、渔政监察和水行政执法工作；协调并仲裁自治州境内部门间、区域间及与兵团之间水事纠纷，负责行政复议工作。
（十一）负责水能资源开发利用、水电建设管理。组织编制、审查、申报自治州境内水利、水电、水产基本建设项目建议书和可行性研究报告及初步设计;负责监督实施水利行业技术质量标准和水利工程的规程、规范；负责编审上报和实施全州水利基本建设及各类水利专项建设前期工作的年度投资计划。
（十二）负责拟订水利、水电、水产行业的经济调节措施，管理和监督水利部门的国有资产，对水利资金的收缴、使用和管理进行监督检查。指导全州水利行业的供水、水电、水产及多种经营工作；会同有关部门研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见。
现任领导
张成义：党组成员、州水利管理总站党支部书记
蒋守明：党组成员、副局长
周为民：党组成员、副局长