昌吉回族自治州生态环境局是昌吉回族自治州人民政府工作部门。
主要职责
（一）落实国家环境保护基本制度。贯彻执行国家、自治区环境保护政策、法律法规、规划，拟订并组织实施自治州环境保护规划，起草环境保护单行条例；组织编制环境功能区划、生态功能区划；组织拟订重要饮用水水源地、重点区域、流域及专项污染防治规划并监督实施。
（二）负责重大环境问题的统筹协调和监督管理。组织协调重大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理，指导协调重大突发环境事件的应急、预警工作；协调解决有关跨区域环境污染纠纷，统筹协调自治州流域、区域污染防治工作。
（三）承担落实自治区和自治州减排目标的责任。执行国家主要污染物排放总量控制和排污许可证制度，按照自治区减排目标制定自治州总量控制计划并组织实施，督查、督办、核查各县市污染物减排任务完成情况；实施环境保护目标责任制、总量减排考核并公布考核结果。
（四）承担从源头上预防、控制环境污染和环境破坏的责任。组织实施自治州规划与建设项目环境影响评价、环保“三同时”等环境管理制度；对自治州涉及环境保护的条例草案提出有关环境保护方面的意见；按照国家和自治区规定审批建设项目环境影响评价文件。
（五）负责环境污染防治的监督管理。监督管理水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、有毒有害化学品、机动车等的污染防治；会同有关部门监督管理饮用水水源地环境保护工作；组织指导城镇和农村的环境综合整治工作；组织排污申报登记制度实施。
（六）指导、协调、监督生态保护工作。拟订生态保护规划，组织评估生态环境质量状况，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；指导、协调、监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园环境保护工作；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治工作；协调指导农村环境保护；监督生物技术环境安全；组织协调生物多样性保护。
（七）负责核安全和辐射安全的监督管理。参与辐射环境事故应急处理工作；监督管理放射源安全；监督管理核技术应用、电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治。
（八）负责环境监测和信息发布。监督执行环境监测制度和规范，组织实施环境质量监测和污染源监督性监测；组织对环境质量状况进行调查评估、预测预警；编制自治州年度环境质量报告书；管理全州环境统计、环境信息;组织建设和管理自治州环境监测网、环境信息网工作；建立和实行环境质量公告制度，负责发布自治州环境综合性报告和重大环境信息。
（九）开展环境保护科技工作。执行国家及自治区环境保护技术政策，组织拟订自治州环境保护科技规划与计划；组织自治州重大环境科技研究及环境科技活动；参与指导和推动循环经济和环保产业发展工作。
（十）组织、指导和协调环境保护宣传教育工作。制定并组织实施环境保护宣传教育规划，开展生态文明建设和环境友好型社会建设的有关宣传教育工作，推动社会公众和社会组织参与环境保护。
（十一）指导自治州环境保护队伍建设；规划与组织指导全州环保系统在职人员岗位培训。
（十二）承担自治州人民政府交办的其他事项。
现任领导
马鸿铭 ：党组书记、副局长